- 基因组de novo研究
- 转录组学研究
- 代谢组学研究
- 蛋白组学研究
Ø产品简介
全基因组de novo测序也叫从头测序，是指不需要任何参考序列，用生物信息学分析方法将测得到的序列进行组装，从而获得该物种的全基因组序列图谱，为后续的基因挖掘、功能验证提供序列信息；为分子育种和合成生物学研究奠定基础。
使用Nanopore长序列（N50 达到30Kb，最长序列4Mb以上）组装后使用二代数据进行纠错，得到高质量的Contig（N50大于1Mb，部分可到10Mb以上）。结合Hi-C把组装的Contig挂载到染色体，获得染色体水平的全基因组序列图谱，注释后通过其他分析揭示研究的科学问题。
Ø研究内容
基因组Survey：
1）K-mer分析以及基因组大小估算
2）杂合率估算
3）初步组装
4） GC含量评估
基因组组装：
1）组装结果评估
2）GC-Depth分布分析
3）GC含量分布分析
4）测序深度分析
5）常染色体区域覆盖度评估（需要客户提供BAC或者Fosmid序列）
6）基因区覆盖度评估（需要客户提供EST或者转录组序列）
基因组注释：
1)repeat注释
2) 基因预测
3) 基因功能注释
4) ncRNA注释
比较基因组学分析：
1）基因聚类分析（也叫基因家族鉴定，动物TreeFam；植物OrthoMCL）
2）物种系统进化分析
3）物种分歧时间估算（需要标定时间信息）
4）基因组共线性分析
5）全基因组复制分析（动物WGAC；植物WGD）
定制化个性化分析：
结合客户需求，协商确定个性化分析内容
Ø经典案例
巨大香榧基因组揭示裸子植物金松酸生物合成起源与进化
3月10日，浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室吴家胜教授、浙江农林大学园艺学院孙学鹏教授以及美国康奈尔大学费章君教授共同通讯，在Nature Communications上发表了最新研究成果，报道了高质量染色体水平香榧巨大基因组，揭示了金松酸（Sciadonic Acid）的生物合成和进化机制。
文章题目：
The Torreya grandis genome illuminates the origin and evolution of gymnosperm-specific sciadonic acid biosynthesis
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-023-37038-2
Ø产品简介
针对mRNA进行测序和分析。可用于：
1）结构分析：如从头构建转录本、优化已有基因结构、发现新基因、发现新转录本、发现融合基因、鉴定RNA编辑、检测变异
2）表达分析：如基因在各个样本中的表达定量、样品间差异表达基因鉴定、基于时间序列的表达分析
3）功能挖掘：针对结构分析和表达分析结果进行功能的挖掘，具体方法包括PCA分析、表达模式聚类、共表达网络构建、富集分析等
Ø研究内容
| 有参全长转录组分析内容 | 无参全长转录组分析内容 |
1）数据质控、转录本分类 2）转录本聚类与校正 3）与参考基因组比对 4）进行可变剪切分析 5）新基因预测 6）融合基因分析 7）作为参考序列，定量分析 8）编码蛋白框预测 9）lncRNA预测 | 1）数据质控、转录本分类 2）转录本聚类与校正 3）七大转录本数据库注释 4）作为参考序列、定量分析 5）lncRNA预测 6）编码蛋白框预测 |
Ø研究流程
Ø经典案例
香榧生育酚生物合成基因转录组全长分析
文章题目：
Full-Length Transcriptome Analysis of the Genes Involved inTocopherol Biosynthesis in Torreya grandis
文章DOI：
DOI：10.1021/acs.jafc.8b06138
香榧种仁脂质生物合成途径和油体形成调控相关基因的比较转录组分析
文章题目：
Comparative transcriptome analysis of the genes involved in lipidbiosynthesis pathway and regulation of oil body formation in Torreya grandiskernels
文章DOI：
DOI：10.1016/j.indcrop.2019.112051
香榧从头转录组测序揭示Sciadonic Acid生物合成途径的基因调控
文章题目：
De novo transcriptome sequencing of Torreya grandis reveals gene regulationin sciadonic acid biosynthesis pathway
文章DOI：
DOI：10.1016/j.indcrop.2019.112051
Ø产品简介
代谢组学(Metabolomics)是继基因组学和蛋白质组学之后发展起来的新兴的组学技术，是系统生物学的组成部分。其对生物体内所有小分子代谢物进行定性定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究，其研究对象大都是分子量1500（或是1200）以内的小分子物质。
Ø产品列表
Ø分析流程
Ø经典案例
苹果为什么越来越好吃？苹果风味驯化机制揭示
中国科学院武汉植物园韩月彭研究员、华中农业大学信息学院李立教授以及山东农业大学园艺科学与工程学院郝玉金教授联合通讯，在Molecular Plant上发表研究成果，对苹果风味品质等重要性状进行了进行了全基因组关联分析。
文章题目：
Unraveling a genetic roadmap for improved taste in the domesticated apple
文章链接：
https://doi.org/10.1016/j.molp.2021.05.018
Ø产品简介
蛋白质是生物体的细胞、组织或器官在不同生理、病理条件下或不同生长发育阶段中功能的直接执行者。蛋白质组学（Proteomics）是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。
Ø产品列表
Ø经典案例
木质素的生物合成在馒头柳耐镉中的作用研究取得重要进展
2020年，中国林科院亚热带林业研究所韩小娇副研究员、张运兴博士等人已经研究发现，镉胁迫后馒头柳和旱柳在植物生长、根系形态、叶绿素含量等方面都表现出一定的差异。在镉胁迫后，馒头柳能通过较强的蛋白质、多糖、碳水化合物等物质的合成代谢来缓解镉积累所造成的毒害。
文章题目：Transporters and ascorbate glutathione metabolism for differential cadmium accumulation and tolerance in two contrasting willow genotypes
文章链接：
https://doi.org/10.1093/treephys/tpaa029
而后佰艾基因和中国林科院亚林所林木分子生物学研究组合作，利用转录组和蛋白质组联合分析以及形态分析来探索馒头柳与Cd耐性有关的分子证据，相关研究新成果发表在Journal of Hazardous Materials上，影响因子高达14.224。
文章题目：
Molecular insights into lignin biosynthesis on cadmium tolerance: Morphology, transcriptome and proteome profiling in Salix matsudana
文章链接：
https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2022.129909
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