Ø产品简介

全基因组de novo测序也叫从头测序，是指不需要任何参考序列，用生物信息学分析方法将测得到的序列进行组装，从而获得该物种的全基因组序列图谱，为后续的基因挖掘、功能验证提供序列信息；为分子育种和合成生物学研究奠定基础。

使用Nanopore长序列（N50 达到30Kb，最长序列4Mb以上）组装后使用二代数据进行纠错，得到高质量的Contig（N50大于1Mb，部分可到10Mb以上）。结合Hi-C把组装的Contig挂载到染色体，获得染色体水平的全基因组序列图谱，注释后通过其他分析揭示研究的科学问题。

Ø研究内容

基因组Survey：

1）K-mer分析以及基因组大小估算

2）杂合率估算

3）初步组装

4） GC含量评估

基因组组装：

1）组装结果评估

2）GC-Depth分布分析

3）GC含量分布分析

4）测序深度分析

5）常染色体区域覆盖度评估（需要客户提供BAC或者Fosmid序列）

6）基因区覆盖度评估（需要客户提供EST或者转录组序列）

基因组注释：

1)repeat注释

2) 基因预测

3) 基因功能注释

4) ncRNA注释

比较基因组学分析：

1）基因聚类分析（也叫基因家族鉴定，动物TreeFam；植物OrthoMCL）

2）物种系统进化分析

3）物种分歧时间估算（需要标定时间信息）

4）基因组共线性分析

5）全基因组复制分析（动物WGAC；植物WGD）

定制化个性化分析：

结合客户需求，协商确定个性化分析内容

Ø经典案例

巨大香榧基因组揭示裸子植物金松酸生物合成起源与进化

3月10日，浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室吴家胜教授、浙江农林大学园艺学院孙学鹏教授以及美国康奈尔大学费章君教授共同通讯，在Nature Communications上发表了最新研究成果，报道了高质量染色体水平香榧巨大基因组，揭示了金松酸（Sciadonic Acid）的生物合成和进化机制。

文章题目：

The Torreya grandis genome illuminates the origin and evolution of gymnosperm-specific sciadonic acid biosynthesis

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-023-37038-2