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分子生物学研究技能 | 关于植物激素研究那些事？（Ethylene）（建议收藏）

结合大家感兴趣的科研问题，接着给大家介绍植物激素。本期明星是乙烯（Ethylene），也是最早研究的五种植物激素之一。不同于其他植物激素，乙烯（C2H4）是一种具有多种作用的气态植物激素。结合相关资料一块学习下（敲黑板！！！）乙烯（Ethylene）Phytohormones – old timers and newcomers （5+4）The molecular structure is...

分子生物学研究技能 | 关于植物激素研究那些事？（Cytokinins）（建议收藏）

结合大家感兴趣的科研问题，接着给大家介绍植物激素。本期明星是细胞分裂素（Cytokinins），也是最早研究的五种植物激素之一。结合相关资料一块学习下（敲黑板！！！）细胞分裂素（Cytokinins）相信大家都比较关注植物组织培养和遗传转化，Cytokinins在这两个过程中起到了至关重要的作用！！！是失败，是成功，重点在尝试Cytokinins种类和浓度的实验设计！！！Phytohormo...

分子生物学研究技能 | 关于植物激素研究那些事？Abscisic Acid (ABA)（建议收藏）

结合大家感兴趣的科研问题，接着给大家介绍植物激素。本期明星是脱落酸（Abscisic Acid (ABA)），也是最早研究的五种植物激素之一。结合相关资料一块学习下（敲黑板！！！）Phytohormones – old timers and newcomers （5+4）脱落酸（ABA）ABA controls many plant processes including stress re...

分子生物学研究技能 | 关于植物激素研究那些事？（Gibberellins）（建议收藏）

结合大家感兴趣的科研问题，接着给大家介绍植物激素。本期明星是赤霉素（Gibberellins），是最早研究的五种植物激素之一。Phytohormones – old timers and newcomers （5+4）‌赤霉素（Gibberellins）在第一次“‌绿色革命”中扮演了核心角色，通过调控植物的生长和发育，显著提高了农作物的产量。在“绿色革命”中，赤霉素的应用主要体现在半矮秆育种...

分子生物学研究技能 | 关于植物激素研究那些事？（Auxin）（建议收藏）

最近有不少客户朋友咨询植物激素研究方面的问题，本期推文给大家重点介绍下。问题提出：为什么要研究植物激素？概念，植物激素（Phytohormone）亦称植物天然激素或植物内源激素。是植物体内产生的一些微量有机化合物，‌能够调节植物的生理过程，‌包括生长、‌发育、‌成熟等。‌研究植物激素可以帮助科学家更好地理解植物的生长和发育调控过程，‌通过深入探究激素的作用机制，‌我们可以更好地了解植物如何响...

生信技能 | 关于组学联合分析那些事？（建议收藏）

最近有不少客户朋友咨询组学联合分析的问题，本期推文给大家重点介绍下。这个问题说简单也很简单，就是各个组学取交集的问题。回答这个问题本没有固定的答案，程序化的流程本来就不是针对某个项目设计的，可以做动物，也可以做植物，也可以做微生物项目。如果想回答好这个问题就需要具体问题具体分析，带着问题进行个性化分析。转录组学主要应用场景是：研究不同处理、不同组织、不同发育阶段等过程中的基因表达变化，相对比...

研究热点 | 如何拥有属于自己研究物种的T2T基因组（下）（建议收藏）

本期推文接着讲关于大家十分关注的T2T（Telomere-to-Telomere）基因组的话题。首先是T2T基因组组装的一些标准，大家都知道端粒区是由简单的DNA高度重复序列组成，而这些高度重复区域一直以来都是组装工作中的难题。随着测序技术的发展，实现T2T基因组主要手段就是运用高准确性的PacBio HiFi测序和高连续性的ONT Ultra-long测序技术相结合以解决高复杂高重复区域的...

研究热点 | 如何拥有属于自己研究物种的T2T基因组（中）（建议收藏）

本期推文接着讲关于大家十分关注的T2T（Telomere-to-Telomere）基因组的话题。近期发表的Nature Genetics这篇综述讲的很到位了（https://doi.org/10.1038/s41588-024-01830-7）。咱们某一物种T2T基因组测序完成了，文章整理发表需要整理综述和讨论部分，在这里和大家一块学习下（敲黑板！！！）。利用端粒到端粒基因组组装解锁植物遗传...

研究热点 | 如何拥有属于自己研究物种的T2T基因组

最近好多朋友咨询T2T (Telomere-to-Telomere )基因组的合作问题，接下来分几期介绍下。端粒到端粒组装T2T指的是从一个端粒到另一个端粒整个染色体无缝序列组装，且所有的染色体都要达到这个标准。最早达到这个要求的是：完整的T2T人类基因组组装，这个基因组通过使用互补技术识别到先前未知区域。在植物方面，目前已经公布了水稻和玉米等重要经济作物的T2T组装。这些T2T基因组揭示了...

文献集锦 | MYB相关转录因子调控植物叶绿体发育（Cell）

植物光合作用是生命的基础，而这一重要过程发生在叶绿体中。近期，剑桥大学Julian M. Hibberd和Eftychios Frangedakis合作在Cell发表“MYB-related transcription factors control chloroplast biogenesis ”的研究论文，阐明MYB转录因子是模式植物地钱（Marchantia polymorpha）...

经典案例 | 通过高质量基因组全面解析花脸香蘑热胁迫响应分子调控机制（Mycology）

花脸香蘑（Lepista sordida），隶属于担子菌门、口蘑科、香蘑属真菌，是一种兼具保健功效和营养价值的珍稀食用菌。其代谢产物已被证实具有抗菌、抗氧化、抗衰老、抗肿瘤和免疫调节等多重生物活性。通过对驯化的花脸香蘑L. sordida菌株进行高质量全基因组测序全面解析了其系统进化地位。结合菌类生产上的实际问题（高温胁迫问题），结合蛋白组学，解释了高温胁迫抑制L. sordida菌丝的生长...

文献集锦 | PEBP家族FT基因多样性致无患子科植物开花性状变异（Molecular Horticulture）

开花是植物生长过程中重要的农艺性状，合适的开花时间和花序结构对植物的生长发育、后代繁殖、最终产量起着至关重要的作用。不同植物的开花时间差异很大，而且受到各种环境因素的影响，全面了解和系统比较不同植物的开花基因对于阐明作物驯化和适应性至关重要。FT（FLOWERING LOCUS T）基因可以同时参与光信号途径与春化途径促进植物开花，是最重要的“成花素”信号，是最亮的那一颗星！！！FT从最初发...

生信技能 | 建议收藏！530种植物种内和种间代谢分析的多层次比较数据库（PCMD）

比较不同植物物种的代谢特征对于揭示植物化学物质的组成和帮助鉴定活性代谢物的物种特异性积累具有重要意义。该研究建立了植物比较代谢组数据库是530种植物的种内和19种跨种代谢分析的多层次比较数据库。PCMD通过标准化代谢物编号，在现有17个代谢物相关数据库的基础上建立了统一的系统，并提供了物种比较、代谢物富集、代谢物ID转换等用户友好的在线工具。直接上链接：http://yanglab.hzau...

生信技能 | 建议收藏！常用植物基因组数据库汇总

1. 大名鼎鼎的NCBI基因组数据库，可以通过链接直接下载（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/）。不只是植物基因组，包括人、大鼠、小鼠、果蝇、线虫等模式生物基因组数据，以及动物、微生物等物种基因组数据。目前已经更新到2024/7/22 上午2:33。2. Phytozome数据库，这个也是比较常用的。在线网址：https://phytozome-next....

文献集锦 | 三七综述：活性成分、药理作用、人参皂苷生物合成及生产的主要生物技术方法

近期，中国中医科学院中药研究所中药鉴定与安全性检测评估重点实验室在Horticulture Research上发表了研究成果，总结了有关田七代表性生物活性成分及其多种药理作用的最新研究，强调了人参皂苷的生物合成和调控，重点介绍了目前人参皂苷生产的主要生物技术方法。文章题目Panax notoginseng: panoramagram of phytochemical and pharmaco...

经典案例 | 单倍型解析基因组和野生马铃薯耐冻性图谱发布

近期，华中农业大学农业农村部马铃薯生物学与生物技术重点实验室在Horticulture Research上发表了研究成果，报道了高质量野生马铃薯基因组，还利用杂交群体进行了马铃薯耐冻基因的图谱绘制。文章题目Haplotype-Resolved Genome and Mapping of Freezing Tolerance in the Wild Potato Solanum commers...

经典案例 | 西瓜T2T超级泛基因组发布！

近期，北京大学现代农业研究院暨潍坊现代农业山东省实验室在Nature Genetics上发表了研究成果，报道了西瓜T2T超级泛基因组，比较分析揭示了基因变异和结构变异，揭示了西瓜的进化和驯化机制。文章题目Telomere-to-telomere Citrullus super-pangenome provides direction for watermelon breeding第一作者：Y...

经典案例 | 普通白菜和紫菜薹T2T基因组揭示白菜类蔬菜结构变异复杂性

2024年3月，武汉大学、武汉市农业科学院和湖北省农业科学院联合通讯，在Science Bulletin上发表了研究成果，报道了两个无间隙芸薹属蔬菜基因组，确定了紫菜薹的驯化热点，并从基因组序列和表达变异的角度全面考察了GSL代谢途径。文章题目The complexity of structural variations in Brassica rapa revealed by assemb...

文献集锦 | 核基因和化石证据分析揭示棕榈科植物起源与进化历史

近期，海南大学崖州湾种子实验室和澳大利亚莫道克大学联合通讯，在BioRxiv上发表了研究成果，利用核基因数据推断出所有棕榈属植物的系统发育关系，并且估计了棕榈属植物的分化时间和祖先范围。文章题目Early Cretaceous Origin and Evolutionary History of Palms (Arecaceae) inferred from 1,033 Nuclear Ge...

经典案例 | 黄龙果基因组组装以及二倍体/多倍体火龙果物种性状模式进化的基因组学新见解

近期，海南大学崖州湾种子实验室和澳大利亚莫道克大学联合通讯，在BioRxiv上发表了研究成果，报道了黄龙果高质量染色体水平基因组组装，并根据Hi-C、ATAC和特定组织的RNA-seq数据将表型性状与基因组数据进行联合分析，同时还利用三维基因组结构分析探索了甜菜素的生物合成途径。文章题目Chromosome-level genome assembly of autotetraploid Se...

经典案例 | 单倍型解析梨T2T基因组组装和泛基因组图谱揭示等位基因特异性表达的不同模式和果实品质性状的基因组基础

近期，南京农业大学三亚研究院在Plant Communications上发表了研究成果，生成了两个梨杂交品种的单倍型解析T2T基因组组合，并构建了梨的首个泛基因组图谱。文章题目Haplotype-resolved T2T genome assemblies and pangenome graph of pear reveal diverse patterns of allele-specif...

经典案例 | 无间隙基因组和多组学分析揭示柑橘果实类黄酮生物合成动态特征

近期，广东省农业科学院果树研究所南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室和浙江省山区农业高效绿色生产协同创新中心联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，报道了高质量无间隙柑橘基因组，通过多组学分析确定了黄酮类化合物生物合成的关键结构基因、转录因子和代谢产物。文章题目The gap-free genome and multi-omics analysis of...

文献集锦 | QTL分析揭示苹果红肉色素沉着新见解

近期，法国昂热大学在Horticulture Research上发表了研究成果，进行了基于家系的定量性状位点(QTL)绘图，以破译五个F1互联家系中红肉性状分离的红肉颜色遗传决定论。文章题目Tracing the Color: QTL analysis reveals new insights into red-flesh pigmentation in apple (Malus domes...

经典案例 | 无间隙基因组和多组学分析揭示橄榄油脂生物合成关键调控机制

近期，兰州大学草地农业系统国家重点实验室在Horticulture Research上发表了研究成果，生成了高质量橄榄T2T基因组，分析了橄榄果实发育过程中基因表达转录和代谢组学特征，并探索了其果实中脂肪酸和类黄酮生物合成调控机制。文章题目The gapless genome assembly and multi-omics analyses unveil a pivotal regulat...

文献集锦 | 核系统发育揭示茄科植物果实颜色/大小的系统发育保守性和相关进化机制

近期，宾夕法尼亚州立大学在New Phytologist上发表了研究成果，利用来自247个物种的1786个核基因重建了茄属植物的系统进化，并研究了果实颜色和大小的进化速度和模式。文章题目A highly resolved nuclear phylogeny uncovers strong phylogenetic conservatism and correlated evolution o...

经典案例 | 近乎完整黄瓜参考基因组和多组学数据库Cucumber-DB发布！

近期，中国农业科学院蔬菜花卉研究所在Molecular Plant上发表了研究成果，报道了近乎完整的黄瓜基因组组装、迄今为止最全面准确的基因/转录本结构注释以及黄瓜基因和转录本表达图谱。文章题目A near-complete cucumber reference genome assembly and Cucumber-DB, a multi-omics database第一作者：Jiant...

文献集锦 | BSA-Seq、BSR-Seq和RNA-Seq联合分析揭示茶树群体中参与紫叶形成的关键基因

近期，中国农业科学院茶叶研究所在Horticulture Research上发表了研究成果，利用BSA-Seq和BSR-Seq揭示了与茶树紫叶形成相关的候选区域和基因突变位点，并利用RNA-Seq鉴定了不同叶色间的差异表达基因。文章题目Association analysis of BSA-Seq, BSR-Seq, and RNA-Seq reveals key genes involve...

经典案例 | 染色体水平基因组组装和群体基因组学揭示节瓜亚雌发育和驯化机制

近期，中国水稻研究所和广东省农科院蔬菜研究所联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，报道了节瓜“A36”高质量染色体组水平参考基因组，还利用GWAS鉴定了与节瓜亚雌重要性状相关的QTLs。文章题目Chromosome-level genome assembly and population genomics reveals crucial selection ...

经典案例 | 基因组组装与重测序揭示木油桐进化、种群选择和性别鉴定机制

近期，中南林业科技大学教育部非木材林木培育与保护重点实验室在Horticulture Research上发表了研究成果，报道了染色体水平雄性木油桐参考基因组，根据全基因组重测序数据、选择性扫描和遗传多样性分析，确定了几个与抗逆性和类黄酮化合物合成相关的基因，还通过全基因组关联研究发现了一个与性别相关的InDel。文章题目Genome assembly and resequencing she...

文献集锦 | 打破真核生物纪录！160.45 Gbp的梅溪蕨属基因组发布

近期，巴塞罗那植物研究所(IBB)在iScience上发表了研究成果，报道了目前最大的真核生物基因组——160.45 Gbp的梅溪蕨属物种基因组。文章题目A 160 Gbp fork fern genome shatters size record for eukaryotes第一作者：Pol Fernández通讯作者：Jaume Pellicer通讯单位：巴塞罗那植物研究所(IBB)杂志...

文献集锦 | 超详细综述！植物激素的利用：为可持续农业推进植物生长和防御战略

近期，吉林农业大学植物保护学院在Physiologia Plantarum上发表了研究成果，综述旨在探索植物激素的多样性世界，并阐明它们在植物生长和防御中的关键作用。全文字数：9488 建议阅读时长：29分钟文章题目Harnessing Phytohormones: Advancing Plant Growth and Defence Strategies for Sustainable ...

经典案例 | 异源多倍体阿拉比卡咖啡基因组和群体基因组学揭示现代咖啡栽培品种的多样化历史

近期，新加坡南洋理工大学、纽约州立大学布法罗分校、蒙彼利埃大学和雀巢公司联合通讯，在Nature Genetics上发表了研究成果，报道了阿拉比卡及其祖先物种中果咖啡和欧基尼奥伊德斯种咖啡的染色体水平组装，利用野生/栽培品种的全基因组重测序数据深入分析了阿拉比卡的历史和传播途径，并确定了与病原体抗性相关的候选基因组区域。文章题目The genome and population genomi...

经典案例 | 岷江百合多组学综合研究揭示苯丙烷代谢物对镰刀菌枯萎病的防御反应机制

近期，，在Horticulture Research上发表了研究成果，利用转录组、代谢组和蛋白质组等多组学技术，探索了与抗镰刀菌枯萎病相关的代谢物及其抗菌作用。文章题目Integrated multi-omics investigation revealed the importance of phenylpropanoid metabolism in the defense respons...

经典案例 | 中华猕猴桃泛基因组揭示果实脱绿结构变异机制

近期，安徽农业大学在Advanced Science上发表了研究成果，构建了高质量中华猕猴桃泛基因组，揭示了遗传变异机制，并鉴定了一个介导果实着色和果实品质的新型SV。文章题目Graph-Based Pangenome of Actinidia chinensis Reveals Structural Variations Mediating Fruit Degreening第一作者：Yin...

文献集锦 | 利用BSA法结合高深度全基因组测序鉴定多花黑麦草抗细菌性枯萎病候选基因

2024年2月，苏黎世联邦理工学院农业科学研究所在The Plant Journal上发表了研究成果，将BSA与全基因组深度测序和高质量基因组组装相结合，从而精确定位二元性状相关区域，并准确定义部分候选基因。文章题目High-resolution bulked segregant analysis enables candidate gene identification for bacte...

文献集锦 | 单细胞测序揭示茶树根中茶氨酸代谢和调控机制

近期，安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室在eLife上发表了研究成果，生成了单细胞RNA测序茶树根图谱，并对茶氨酸的生物合成、储存和运输进行了细胞类型特异性分析。文章题目Root-specific secondary metabolism at the single-cell level: a case study of theanine metabolism and regul...

文献集锦 | WUSCHEL相关同源转录因子CsWOX3负向调控黄瓜果刺形态发生

近期，中国农业大学园艺作物新品种选育与良种繁育教育部工程研究中心在Horticulture Research上发表了研究成果，发现WOX家族基因CsWOX3作为典型的转录抑制因子，在果刺发育过程中起负调节作用。文章题目The WUSCHEL-related homeobox transcription factor CsWOX3 negatively regulates fruit spin...

经典案例 | 羽叶丁香基因组研究揭示真双子叶植物中花姜酮的生物合成机制

近期，中国中医科学院道地药材品质保障与资源持续利用全国重点实验室在Plant Biotechnology Journal上发表了研究成果，报道了羽叶丁香高质量染色体水平基因组，旨在阐明木犀科双子叶植物的花姜酮生物合成途径。文章题目A Syringa pinnatifolia genome assembly reveals the zerumbone biosynthesis machiner...

经典案例 | 野生马铃薯单倍型T2T参考基因组研究为其耐冻性机制提供新见解

近期，云南大学生命科学中心云南省细胞代谢与疾病重点实验室在Plant Communications上发表了研究成果，生成了首个单倍型的T2T野生马铃薯参考基因组(CM1.0)，还发现MAP激酶和ROS清除系统有助于提高其抗冻能力。文章题目The haplotype-resolved T2T genome assembly of the wild potato species Solanum ...

经典案例 | 单倍型解析无间隙基因组和染色体片段代换系有助于野生稻基因鉴定

近期，北京大学蛋白质与植物基因研究国家重点实验室和中国农业科学院作物科学研究所作物基因资源与育种国家重点实验室联合通讯，在Nature Communications上发表了研究成果，报道了野生稻Y476单倍型解析无间隙基因组，培育了两组染色体片段代换系，鉴定了254个与农艺性状、生物/非生物胁迫相关的QTLs。文章题目Haplotype-resolved gapless genome and...

生信技能 | 如何在NCBI上传SRA数据

SRA数据是指Sequence Read Archive(序列读数存档)数据，这是一种保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据的数据库。SRA数据包括多个层级，从单个研究计划(NCBI BioProject)到具体的样本测序数据(SRA Run)，每个层级都有其特定的标识符，如PRJN、SRX、SAMN、SRR或ERR****。这些数据对于生物信息学研究至关重要，因为它们提供了直接从测序仪...

文献集锦 | 利用CRISPR-SpRY推进大豆无PAM基因组编辑

近期，电子科技大学生命科学与技术学院与中国科学院大豆分子设计育种重点实验室联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，开发了一种由SpRY介导的大豆无PAM基因组编辑系统。文章题目Advancing PAM-less genome editing in soybean using CRISPR-SpRY第一作者：Xiao Chen, Zhaohui Zhong, ...

经典案例 | 单倍型解析含羞草基因组揭示叶片运动和固氮作用的奥秘

近期，福建农林大学农学院在BMC Genomics上发表了研究成果，组装了高质量单倍型解析光荚含羞草参考基因组，揭示了叶片运动和固氮作用的复杂性。文章题目Haplotype-resolved genome of Mimosa bimucronata revealed insights into leaf movement and nitrogen fixation第一作者：Yiting So...

经典案例 | 豇豆基因组研究揭示驯化改良潜在基因位点以及产量/品质提升新发现

近期，浙江省农业科学院和浙江大学共同通讯，在Nature Genetics上发表研究成果，报道了粮用普通豇豆和菜用长豇豆高质量基因组，利用GWAS鉴定了关键农艺性状相关基因，并拟议了豇豆驯化和改良模式。文章题目Differential selection of yield and quality traits has shaped genomic signatures of cowpea d...

经典案例 | 人参T2T参考基因组揭示皂苷生物合成进化机制

近期，中国农业科学院深圳农业基因组研究所在Horticulture Research上发表了研究成果，组装了人参T2T参考基因组，探索了人生基因组的系统发育和进化分析以及亚基因组之间基因的非对称丢失和偏倚表达，并发现了与人参皂苷合成相关的基因簇。文章题目Telomere-to-telomere reference genome for Panax ginseng highlights the...

经典案例 | 基因组、转录组和代谢组综合分析揭示药用植物防风的进化机制

近期，吉林农业大学农学院/中药材学院和南京农业大学园艺学院联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，报道了首个高质量防风染色体水平基因组，并通过转录组和代谢组分析揭示了抽薹前后野生/栽培防风的药理活性成分等差异。文章题目Genomic, transcriptomic, and metabolomic analyses provide insights into ...

经典案例 | 现代栽培杂交甘蔗基因组组装为甘蔗起源和进化研究提供新线索

近期，广西大学和中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合通讯，在Nature Communications上发表研究成果，为杂交甘蔗品种ZZ1生成了染色体水平单倍型基因组组装，揭示了与糖积累、黑穗病抗性相关基因的扩增，以及与PBD易感性相关基因的起源。文章题目A chromosomal-scale genome assembly of modern cultivated hybrid suga...

经典案例 | 贵州茅台原料高粱红缨子高质量T2T组装及籽粒单宁代谢途径重建

近期，贵州省农业科学院旱粮研究所在The Crop Journal上发表了研究成果报道了贵州茅台酒用高粱红缨子T2T高质量基因组组装，并通过65个基因重建了风味物质单宁的代谢途径。文章题目A telomere-to-telomere genome assembly of Hongyingzi, a sorghum cultivar used for Chinese Baijiu produc...

经典案例 | 低覆盖率基因组和转录组数据分析助力菊科706个物种的系统发育关系研究

2024年1月，宾夕法尼亚州立大学、中国科学院植物研究所和中国科学院昆明植物研究所联合通讯，在Plant Communications上发表了研究成果，通过转录组和基因组数据分析重建了菊科706个物种的系统发育树，进化分析揭示两侧对称花平行演化与CYC2旁系同源物的不同表达模式有关。文章题目Nuclear phylogenomics of Asteraceae with increased ...

经典案例 | 条叶庭荠和四齿芥基因组研究揭示核心十字花科植物的祖先核型和基因组特征

近期，中国科学院昆明植物研究所在Plant Communications上发表了研究成果，报道了条叶庭荠和四齿芥高质量基因组，探索了与早期十字花科物种适应性辐射相关的基因组特征，并重建了十字花科核心物种的祖先核型(CBK)。文章题目Genomes of Meniocus linifolius and Tetracme quadricornis unveil the ancestral kar...

经典案例 | 11种竹子基因组组装和476个转录组样本分析揭示动态亚基因组优势诱导的多样化机制

近期，中国科学院昆明植物研究所在Nature Genetics上发表了研究成果，对二倍体(草本)到四倍体和六倍体(木本)竹子的11个染色体水平全新基因组组装和476个转录组样本进行分析，揭示了异源多倍体化和亚基因组优势形成了木本竹作为大型禾本科植物特有的树状木质茎、快速生长和同步开花等进化过程。文章题目Genome assemblies of 11 bamboo species highli...

经典案例 | 蛋白质组、转录组和代谢组综合分析揭示GA-ABA调控墨兰花发育机制

近期，广东省农业科学院环境园艺研究所在Horticulture Research上发表了研究成果，整合了细胞学、转录组、蛋白质组和代谢组分析，以阐明墨兰花发育的关键调控网络。文章题目Integrated proteomic, transcriptomic and metabolomic profiling reveals that GA-ABA hub runs the flower dev...

经典案例 | 染色体水平基因组研究揭示香蕉果皮开裂和花青素生物合成机制

近期，中国科学院华南植物园在Horticulture Research上发表了研究成果，首次报道了紫苞芭蕉和朝天蕉染色体水平高质量基因组，解析了其果皮开裂的原因，还鉴定了与花青素生物合成途径相关的基因。文章题目Chromosome-level genome assemblies of Musa ornata and M. velutina provide insights into peri...

经典案例 | 赤豆高质量参考基因组及重测序研究揭示其进化驯化过程和关键农艺性状形成机制

近期，北京农学院植物科学技术学院、中科院遗传与发育研究所和澳大利亚莫道克大学联合通讯，在Plant Biotechnology Journal上发表了研究成果，报道了高质量染色体水平赤豆参考基因组，对包括野生和栽培在内的322个不同的赤豆品种进行全基因组重测序，还进行了比较基因组学和关键农业性状的全基因组关联分析，以研究其进化和驯化过程。文章题目Chromosome-level refere...

经典案例 | 是26条染色体而非27条！模式植物小立碗藓T2T基因组首次报道

2024年1月，中国农业科学院深圳农业基因组研究所在Nature Plants上发表了研究成果，报道了小立碗藓高质量T2T基因组组装，通过着丝粒分析有力支持了小立碗藓中只有26条染色体存在并详细描述了其产生机制。文章题目Near telomere-to-telomere genome of the model plant Physcomitrium patens第一作者：Guiqi Bi, ...

经典案例 | 山桐子基因组研究揭示其进化和油脂生物合成机制

近期，中国科学院植物分子生理学重点实验室在Cell Reports上发表了研究成果，报道了中国本土落叶乔木山桐子染色体水平高质量参考基因组，还通过对42个野生品种进行群体分析确定了潜在含油量相关基因IpSTP5。文章题目The Idesia polycarpa genome provides insights into its evolution and oil biosynthesis第一...

经典案例 | 枣和酸枣单倍型T2T参考基因组揭示其驯化机制

近期，西北农林科技大学国家林业局黄土高原林木培育重点开放实验室和新疆农业科学院园艺作物研究所联合通讯，在Horticulture Research上发表研究成果，报道了枣和酸枣高质量T2T基因组组装，并基于672份大规模重测序数据，对种群结构和驯化事件进行了分析。文章题目Two haplotype-resolved T2T reference genomes for Ziziphus juj...

经典案例 | 基因组、转录组和代谢组联合分析揭示蔷薇属植物空心泡花青素生物合成的基因组进化和分子机制

近期，贵州凯里学院大健康学院在Horticulture Research上发表了研究成果，通过基因组、转录组和代谢组联合分析，阐明了空心泡的进化动态历史以及花青素生物合成的分子基础。文章题目Chromosome-scale genome, together with transcriptome and metabolome, provided insights into the evolut...

文献集锦 | （超超超详细！建议收藏）CELL重磅综述：CRISPR基因组编辑技术的过去、现在和未来

本文字数：14376建议阅读时长：40分钟近期，苏黎世大学生物化学系在Cell上发表了研究成果，讨论了CRISPR基因编辑技术在研究和治疗方面的现状，重点介绍了其局限性以及近年来为解决局限性而开发的技术创新，总结了基因编辑在人类健康和治疗领域的应用现状，还概述了未来可能影响深远的基因编辑技术及其应用的潜在发展。文章题目Past, present, and future of CRISPR g...

文献集锦 | 进化分析揭示两种新植物病害“宿主跳跃”机制

2023年11月，美国列克星顿肯塔基大学植物病理学系在Nature Ecology & Evolution上发表了最新研究成果，重建了两种新植物病害宿主真菌种群的进化史，阐明了杂交重组中发生的宿主跳跃机制。文章题目Recent co-evolution of two pandemic plant diseases in a multi-hybrid swarm第一作者：Mostafa Rah...

经典案例 | 全基因组多倍体化-再倍化和适应性进化的基因组证据

近期，中山大学生命科学学院在Nature Communications上发表了研究成果，组装了杯萼海桑和相关内陆植物大花紫薇的染色体水平基因组，改进了多倍体化-再倍化过程模型，阐明了气候变化下的适应性进化机制。文章题目Genomic evidence for rediploidization and adaptive evolution following the whole-genome ...

经典案例 | 野生稻、杂草稻和栽培稻全基因组序列分析揭示适应性进化机制

近期，美国圣路易斯华盛顿大学和莫纳什大学(马来校区)联合通讯，在Nature Communications上发表了研究成果，对217个野生、杂草和栽培水稻样本进行了全基因组序列分析，阐明了野生稻杂交对东南亚杂草稻进化的重要贡献。文章题目Porous borders at the wild-crop interface promote weed adaptation in Southeast ...

经典案例 | 龙脑香基因组学研究揭示其种群历史、对亚洲雨林的适应机制以及濒危因素

近期，浙江天童森林生态系统国家野外科学观测研究站/华东师范大学上海市城市化生态过程与生态恢复重点实验室和滨海湿地生态系统教育部重点实验室(厦门大学)联合通讯，在Nature Communications上发表了研究成果，整合了包括两个同源四倍体物种在内的7个龙脑香科物种的高质量基因组，揭示了其种群历史和亚洲热带雨林适应机制。文章题目Dipterocarpoidae genomics reve...

经典案例 | 染色体水平高质量参考基因组学和群体基因组学揭示灰胡杨对荒漠化环境的适应性进化

近期，塔里木大学生命科学学院和浙江师范大学生命科学学院联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，报道了灰胡杨染色体水平高质量参考基因组，并对156份灰胡杨材料进行了全基因组重测序，以揭示其适应性进化和遗传分化机制。文章题目The chromosome-scale genome and population genomics reveal the adaptati...

经典案例 | 全基因组甲基化、转录组和代谢组研究揭示盾叶薯蓣中薯蓣皂素和油菜素内酯之间的动态平衡机制

近期，杂交水稻全国重点实验室(武汉大学)在Horticulture Research上发表了研究成果，整合了盾叶薯蓣全基因组甲基化、转录组和代谢组数据，阐明了为薯蓣皂素和油菜素内酯之间的动态平衡机制。文章题目The succinct title: Genome-wide methylation, transcriptome and characteristic metabolites rev...

文献集锦 | CRISPR/Cas9技术革新之博落回育种：血根碱生物合成的飞跃

近期，湖南农业大学动物科技学院和湖南农业大学中兽药湖南省重点实验室联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，报告了CRISPR/Cas9介导的博落回基因组编辑系统，并应用该系统成功获得了血根碱含量显著增加的突变植株。文章题目CRISPR/Cas9 Revolutionizes Macleaya cordata Breeding: A Leap in Sangui...

经典案例 | 全基因组关联研究解析枸杞黄酮类、甜菜碱和亚精胺代谢物遗传基础

近期，宁夏农林科学院枸杞科学研究所和海南大学三亚南繁研究院联合通讯，在Plant Biotechnology Journal上发表了研究成果，重构了枸杞染色体水平基因组组装并绘制了变异图谱，利用全基因组关联分析揭示了类黄酮、甜菜碱和亚精胺代谢物的遗传基础。文章题目Metabolite-based genome-wide association studies enable the disse...

文献集锦 | 用于评估BUSCO基因组和注释完整性的裸子植物基准基因集

2023年8月，浙江大学和西北工业大学联合通讯在Horticulture Research上发表了研究成果，开发了第一个裸子植物基准基因集，助力裸子植物基因组研究。文章题目Benchmarking gene set of gymnosperms for assessing genome and annotation completeness in BUSCO第一作者：Jun-Jie Wu, ...

文献集锦 | AlliumDB：葱属比较基因组学和功能基因组学数据库

近期，青岛农业大学园艺学院在Horticulture Research上发表了研究成果，开发了葱属比较基因组学和功能基因组学数据库AlliumDB，作为功能基因组学中心，整合了大量基因组、重测序、转录组和表型数据。文章题目AlliumDB：A central portal for comparative and functional genomics in Allium第一作者：Pengta...

经典案例 | 四倍体草莓基因组揭示性别分化遗传基础

近期，云南农业大学和中国科学院昆明植物所联合通讯，在Plant Biotechnology Journal上发表了最新研究成果，对西南草莓进行了高质量基因组组装，揭示了草莓性别决定的遗传基础和关键候选基因。文章题目Genomic analyses provide insights into sex differentiation of tetraploid strawberry (Fraga...

经典案例 | 茄科植物基因组揭示莨菪碱生物合成途径演化历史

近期，兰州大学草种创新与草地农业生态系统全国重点实验室在Nature Communications上发表了研究成果，对茄科植物中产生山莨菪碱和东莨菪碱(HS)的三个代表性物种和一个不产生HS的物种进行了基因组测序，揭示了HS生物合成途径的演化历史。文章题目Multiple independent losses of the biosynthetic pathway for two tropa...

经典合集 | 码住！20篇T2T文章一键浏览！

随着测序技术的飞速发展，基因组组装已经进入新时代。T2T(Telomere-to-Telomere )基因组指通过PacBio HiFi、ONT Ultra-long、Hi-C等多种测序技术结合，实现一条或多条染色体端粒到端粒水平组装的无间隙基因组。T2T基因组的组装使得基因组端粒、着丝粒等未知领域能够被探索，为动植物研究提供了新思路和新选择。本文意在整合今年所发布的T2T文献详解，以便快速...

经典案例 | 易感葡萄品种(汤普森无籽葡萄)T2T基因组助力葡萄功能基因组学研究

近期，西北农林科技大学风景园林艺术学院、西北农林科技大学葡萄酒学院和旱区作物逆境生物学国家重点实验室联合通讯，在Horticulture Research上发表了最新研究成果，组装了汤普森无籽葡萄高质量T2T无间隙基因组，对其NLRs基因进行了全面鉴定，并分析了它们对葡萄白粉病的反应。文章题目Telomere-to-telomere and gap-free genome assembly ...

经典案例 | 扯根菜T2T基因组揭示其超微结构系统发育和黄酮类化合物合成机制

近期，浙江大学农业与生物技术学院和丽水市农林科学研究院联合通讯，在Horticulture Research上发表了最新研究成果，组装了扯根菜高质量T2T基因组，揭示了其超微结构系统发育、代谢多样性以及三种主要药用成分的合成调控机制。文章题目Insights into the Superrosids Phylogeny and Flavonoid Synthesis from the Tel...

经典案例 | 对叶榕T2T参考基因组为性别决定研究提供新见解

近期，岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心在Horticulture Research上发表了最新研究成果，组装了对叶榕T2T高质量参考基因组，利用重测序数据重新分析了雄性特异性区域，构建了榕树雌雄果实发育的基因调控网络。文章题目A telomere-to-telomere reference genome of ficus (Ficus hispida) provides new ...

经典案例 | T2T基因组组装和CYP450基因家族分析揭示黄芩花青素生物合成机制

近期，中国科学院上海辰山植物科学研究中心在Horticulture Research上发表了研究成果，首次实现了黄芩的T2T无间隙基因组组装，通过对CYP450基因家族的全基因组鉴定，发现了参与类黄酮修饰的新基因。文章题目Gap-free genome assembly and CYP450 gene family analysis reveal the biosynthesis of an...

经典案例 | 康乃馨T2T高质量组装揭示基因组结构与基因表达相关性

近期，中国农业科学院深圳农业基因组研究所佛山鲲鹏现代农业研究院、岭南现代农业广东省实验室深圳分室和莫道克大学联合通讯，在Horticulture Research上发表了最新研究成果，组装了单倍型康乃馨高质量T2T基因组，分析了三种组织中等位基因的特异性表达以及基因组结构与单倍型基因表达的关系。文章题目The haplotype-resolved T2T carnation (Dianthu...

文献集锦 | 超详细！过表达TaLAX1提高小麦再生和遗传转化能力

近期，山东农业大学作物生物学国家重点实验室在Plant Communications上发表了最新研究成果，深入探讨了TaLAX PANICLE1(TaLAX1)的过表达，它能显著提高再生效率，从而促进小麦的遗传转化和基因组编辑。文章题目Enhancing Wheat Regeneration and Genetic Transformation through Overexpression ...

经典案例 | 高质量三角梅基因组为石竹目植物演化历史和色素生物合成途径提供新见解

中国农业科学院深圳农业基因组研究所和海南省农业科学院三亚研究所联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，被评为今年8月的封面文章。报道了高质量染色体水平三角梅基因组并揭示了石竹目植物的演化历史，研究了甜菜红素和花青素的生物合成途径，还探究了三角梅不同苞片颜色的潜在形成机制。文章题目A high-quality Bougainvillea genome provi...

经典案例 | 全基因组关联分析揭示文冠果种子大小和产量候选基因和调控机制

近期，中国林业科学研究院林业研究所林木遗传与育种国家重点实验室在Horticulture Research上发表了最新研究成果，基于222份文冠果种质资源对影响种子产量的3个核心性状(百粒重、单果种子质量、单果种子数)进行全基因组关联分析，并对候选基因进行了鉴定和调控机制探索。文章题目Genome-wide association analysis identifies a candidat...

经典案例 | 13个苹果种质泛基因组分析揭示果实性状相关结构和序列变异

近期，中国农业大学园艺学院在Nature Communications上发表了最新研究成果，利用13个苹果种质组装泛基因组，观察到CNVs与其相关基因的表达水平呈正相关，还发现了与果实品质和生物抗性相关的重叠SVs。文章题目Pan-genome analysis of 13 Malus accessions reveals structural and sequence variations...

经典案例 | 孤儿作物菱角泛基因组揭示结构变异和不对称亚基因组演化机制

近期，金华市农业科学院特色水菜选育与栽培省级重点实验室和中国科学院武汉植物园联合通讯，在Horticulture Research上发表了最新研究成果，获得了欧菱和细果野菱染色体水平基因组组装，构建了基于图谱的泛基因组，对PAVs进行基因分型并鉴定了相关基因，揭示了其结构变异和不对称亚基因组演化机制。文章题目Pangenome of water caltrop reveals structu...

经典案例 | 又一中黄13大豆T2T完整基因组发布！

近期，哈尔滨工业大学生物信息学中心和中国农业科学院作物科学研究所农业部大豆生物学重点实验室联合通讯，在The Crop Journal上发表了最新研究成果，报道称发布了首个中黄13中国大豆品种T2T完整基因组。今年10月，东北农业大学和广西大学农学院亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室联合通讯，在Molecular Plant上发表了研究成果，报道同样发布了ZH13大豆品种的T2T完整...

文献集锦 | 10548份水稻材料超级变异图谱揭示罕见变异重要性

近期，中国农业科学院深圳农业基因组研究所/中国海南省三亚市崖州湾国家实验室在Nucleic Acids Research上发表了研究成果，研究以10,548份水稻材料为研究对象，构建了包含SNPs、InDels和SVs的水稻超级变异图谱(RSPVM)。文章题目A rice variation map derived from 10 548 rice accessions reveals th...

经典案例 | 大豆T2T基因组组装及表观遗传修饰研究

近期，东北农业大学和广西大学农学院亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室联合通讯，在Molecular Plant上发表了最新研究成果，发布了ZH13大豆品种的T2T完整基因组，并探讨了其表观修饰模式。文章题目The T2T genome assembly of soybean cultivar ZH13 and its epigenetic landscapes第一作者：Chao Zh...

经典案例 | 红花基因组研究助力工业/医药应用重要农业性状改良

今年9月，中国中医科学院中药研究所和成都中医药大学药学院西南中药资源国家重点实验室联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，对红花进行了高质量染色体水平基因组组装，进行了GWAS分析，鉴定出了与红花重要性状相关基因。文章题目Whole genome and genome-wide association study improve key agricultura...

文献集锦 | CRISPR介导的小麦改良研究进展与未来展望

今年9月，中国农业大学分子设计育种前沿科学中心在Journal of Genetics and Genomics上发表了研究成果，介绍了目前基于CRISPR小麦基因组编辑工具的开发和优化，综述了近年来CRISPR/Cas技术在小麦改良中的应用、进展和未来展望。文章题目CRISPR-mediated acceleration of wheat improvement: advances and...

生信技能 | TOmicsVis：带有Shinyapp界面的转录组分析和可视化R包（功能介绍与案例分析）

近期，厦门大学海洋与地球科学学院海洋环境科学国家重点实验室/厦门大学福建海洋可持续发展研究院在iMeta上发表了最新研究成果，开发了一站式转录组学可视化R包工具TOmicsVis。文章题目TOmicsVis：An all-in-one transcriptomic analysis and visualization R package with Shinyapp interface第一作者...

经典案例 | 龙葵基因组辅助发现马铃薯晚疫病效应子受体并揭示其抗病基因功能

今年8月，岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心、韩国浦项科技大学和英国东英吉利大学塞恩斯伯里实验室联合通讯，在Nature Genetics上发表了研究成果，生成了四个茄属植物龙葵的高质量参考基因组，重新测序了52个品种，并克隆了3个新的免疫受体Rpi-amr4、R02860和R04373。文章题目Solanum americanum genome-assisted discover...

经典案例 | 洪平杏与政和杏基因组揭示其进化史及环境适应性演化特征

近期，四川大学生命科学学院生物资源与生态环境重点实验室和湖北洪山园艺作物种质创新与利用国家重点实验联合通讯，在Horticulture Research上发表了最新研究成果，对两种中国南方特有杏进行了染色体水平测序，并描述了其进化史及适应性基因组演化特征。文章题目Genomic evidence for evolutionary history and local adaptation of...

经典案例 | 首个T2T红皮梨参考基因组发布，从SD和WGD角度揭示基因组进化

近期，南京农业大学园艺学院作物遗传与种质创新国家重点实验室吴俊教授课题组在Horticulture Research上发表了最新研究成果，报道了第一个梨T2T无间隙基因组，并结合转录组和WGBS数据分析了重复基因的差异，探索农艺性状影响机制。文章题目Telomere-to-telomere pear (Pyrus pyrifolia) reference genome reveals seg...

文献集锦 | 空间转录组学揭示番茄愈伤组织芽再生机制

近期，北京大学农业科学研究所李博生研究员团队与邓兴旺院士团队在PNAS上发表了最新研究成果，采用空间转录组分析技术对番茄茎再生过程中的愈伤组织进行了分析，发现光能够通过诱导绿色组织细胞发育和协调糖信号传导来促进芽部再生。文章题目patial transcriptomics reveals light-induced chlorenchyma cells involved in promoti...

文献集锦 | 植物多样性挖掘超强辅助工具：基因组比对技术

近期，北京大学现代农业研究院和康奈尔大学联合通讯，在Trends in Plant Science上发表了最新研究成果，总结了经典双/多基因组比对方法，介绍了植物研究界广泛使用或正在开发的技术，并对进一步优化植物基因组比对技术的必要性进行了展望。文章题目New whole-genome alignment tools are needed for tapping into plant div...

经典案例 | 皱皮木瓜T2T基因组为五环三萜化合物生物合成提供新见解

2023年9月，南京农业大学园艺学院和华中农业大学植物科学技术学院联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，报道了首个蔷薇科木瓜属植物皱皮木瓜的高质量T2T参考基因组，为深入了解齐墩果酸和熊果酸等五环三萜化合物生物合成提供了新见解。文章题目A Telomere-to-telomere Reference Genome Provides Genetic Insig...

文献集锦 | 黄瓜重组多组学图谱揭示其CO形成以及杂交特异性分化基因组/表观遗传特征

中国农业科学院深圳农业基因组所与中国农业科学院蔬菜与花卉研究所联合通讯，在Plant Physiology上发表了研究成果，基于多组学测序分析发现杂交种间CO事件的差异可以部分归因于基因组和表观遗传特征，并与特定DSB热点和杂合SVs显著相关。文章题目Comprehensive dissection of meiotic DNA double-strand breaks and crosso...

经典案例 | 山刺番荔枝基因组揭示其发育和风味形成机制

近期，福建农林大学园林艺术学院刘仲健教授团队在Ornamental Plant Research上发表了最新研究成果，报道了高质量山刺番荔枝基因组组装，阐明了番荔枝科和木兰科植物的进化，揭示了番荔枝果实发育和风味形成机制。文章题目The Annona montana genome reveals the development and flavor formation in mountain...

经典案例 | 基因组测序揭示珍稀濒危植物七子花进化及二次开花机制

国家二级重点保护植物七子花盛放于中秋国庆期间。近期，浙江省植物进化生态与保护重点实验室在Horticultural Plant Journal上发表了最新研究成果，报道了七子花高质量基因组，揭示了其进化和二次开花机制以及花萼发育等复杂花器官性状形成的关键基因。文章题目Genome sequencing provides insights into Caprifoliaceae genome ...

经典案例 | 砂仁中药材三个变种群体的多组学比较研究

近期，岭南现代农业广东实验室、中山大学药学院和中国医学科学院药用植物开发研究所云南分院联合通讯，在Horticulture Research上发表了成果，报道了阳春砂高质量染色体水平基因组，并在三个砂仁变种群体之间进行了遗传和转录等多组学综合比较分析。文章题目Multiomics comparison among populations of three plant sources of A...

文献集锦 | 桃果实香气和农艺性状的多统计全基因组关联分析及基因组预测

上海市农业科学院林木果树研究所桃课题组在Horticulture Research上发表了研究成果，采用GC-MS、GWAS、GP和MAS相结合的组学方法，揭示了不同种质的6个农艺性状和14种关键挥发性化合物的遗传结构，还鉴定出了6个与这些性状相关的新候选基因。文章题目Multiple-statistical genome-wide association analysis and geno...

文献集锦 | 综述：植物盐胁迫信号传导、耐受性研究以及未来展望

近期，四川大学生命科学学院教育部生物资源与生态环境重点实验室和中国农业大学植物环境恢复力国家重点实验室联合通讯，在Journal of Genetics and Genomics上发表了最新研究成果，综述了植物在盐胁迫感知、信号传导和反应方面的研究进展。文章题目Insights into plant salt stress signaling and tolerance第一作者：Huapen...

文献集锦 | 农杆菌介导“妃子笑”荔枝遗传转化及CRISPR/Cas9基因编辑详细操作流程

近期，中国热带农业科学院环境与植物保护研究所在Horticultural Plant Journal上发表了最新研究成果，以“妃子笑”荔枝为材料，建立了一种高效稳定的农杆菌介导的胚性愈伤组织遗传转化方法。文章题目Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation of embryogenic callus and CRISPR/Cas9-med...

文献集锦 | 4kSoyGVP大豆遗传参考变异图谱及SoyGVD数据平台上新！

近期，广州大学生命科学学院孔凡江、刘宝辉教授和华中农业大学杨庆勇教授联合通讯，在Plant Biotechnology Journal上发表了最新研究成果，基于4414份大豆材料进行大规模重测序GWAS分析，并自主研发了大豆遗传育种数据在线平台—SoyGVD。文章题目4kSoyGVP provides a referenced variation map for genetic resear...

经典案例 | 麻药用中药材三分三基因组为其进化机制和TA生物碱的合成提供新见解

近期，浙江省中医药资源创新与转化重点实验室在Plant Communications上发表了最新研究成果，组装了高质量染色体水平三分三基因组，测定了三种茄科植物中H6H酶的催化活性，并在进化和共表达基因的基础上对AaWRKY11进行了功能分析。文章题目A chromosome-level genome assembly of anesthetic drug-producing Anisodu...

经典案例 | 同源四倍体大黄基因组揭示蒽醌类物质进化和积累机制

近期，河北大学生命科学学院杜会龙教授团队在Plant Communications上发表了最新研究成果，通过基因组、转录组和代谢组分析全面概述了基因家族扩张和四倍体化对大黄中丰富蒽醌含量的影响。文章题目The haplotype-resolved genome assembly of autotetraploid rhubarb Rheum officinale provides insig...

生信技能 | quarTeT：专门用于T2T组装和着丝粒重复识别研究的新工具

安徽农业大学园艺学院、安徽农业大学信息与计算机学院和四川大学生命科学学院联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，开发了一个用户友好的网络工具：quarTeT，专门用于T2T基因组组装和表征。文章题目quarTeT: a telomere-to-telomere toolkit for gap-free genome assembly and centromer...

SPL基因家族分析就这么来！两篇文章带你理顺流程

SPL基因家族分析一般通式本文旨在通过两篇结构分明的文章来给大家梳理一下基因家族分析流程，来看看投稿一篇此类文章需要展示哪些成果。01蛋白系统发育关系基因家族分析时要理清多物种目的基因蛋白系统发育关系，这是研究基因家族的基础，一般会展示在文章开头。02系统发育树而后是构建研究物种的目的基因系统发育树，可根据主要研究方向进行重点扩展描述。03基因编码蛋白保守基序分析下一步一般来说就是基因编码蛋...

生信技能 | SnapGene绘制图谱说明，用这一篇就够了！

SnapGene是一款功能强大且易操作的生物信息学工具，有助于完成基因组的设计、分析和编辑，从而提高研究的速度和准确性。SnapGene可用于可视化分子生物学程序，具有创建质粒图谱、模拟分子克隆、PCR、酶切、DNA电泳及序列比对等功能。以下是使用SnapGene绘制图谱详细图解教程：01文件准备绘制图谱需要准备两个文件：1. 目标基因CDS序列2. 质粒信息02导入质粒和目的基因信息- 打...

经典案例 | 高质量泛基因组揭示结构变异甜瓜农艺性状

近期，浙江大学农业与生物技术学院种质创新与分子育种实验室张明方团队在Plant Physiolog上发表了最新研究成果，发布了地方品种甜瓜高质量染色体水平基因组，构建了甜瓜泛基因组图谱。文章题目Pan-genome analysis sheds light on structural variation-based dissection of agronomic traits in melo...

一篇搞定转录组文章撰写思路！

转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。转录组数据可用来干什么转录组分析属于针对mRNA进行测序和分析，可用于：1. 结构分析：如从头构建转录本、优化已有基因结构、发现新基因、发现新转录本、发现融合基因、鉴定RNA编辑、检测变异；2. 表达分析：如基因在各个样本中的表达定量、样品间差异表达基因鉴定、基于时间序列的表达分...

前沿热点 | 关于对西工大王文教授团队连续发表4篇Science高水平论文的思考

近期，西北工业大学生态环境学院王文教授团队、空军军医大学西京医院黄景辉教授团队、长春科技学院李春义教授团队与吉林农业大学李志鹏教授团队联合通讯，在Science上在线发表了最新研究成果，研究者们首次在鹿角中发现了具有强大再生潜力的干细胞群(https://www.science.org/doi/10.1126/science.add0488)。

文献集锦 | 葡萄基因组学：最新进展与未来展望

近期，葡萄科学与酿酒技术北京市重点实验室在Horticulture Research上发表了研究成果，研究人员们基于葡萄基因组阐述了生物和非生物抗性机理、浆果品质形成和育种策略方面取得的重大进展，探索了葡萄的驯化、起源及分化历史中的基因流动，还利用GWAS等方法鉴定了900多个与葡萄抗性、品质和发育阶段相关的基因。本文对这些成果进行了总结和展望。文章题目Biography of Vitis ...

前沿热点 | 利用克隆配子多倍体基因组设计生成“4-Hap”番茄

近期，德国科隆马克斯·普朗克植物育种研究所在Nature Genetics上发表了研究成果，在番茄中进行多倍体基因组设计，通过两个不同杂交亲本产生克隆配子进行杂交，实现了四个预定基因组单倍型的可控组合。文章题目Harnessing clonal gametes in hybrid crops to engineer polyploid genomes第一作者：Yazhong Wang通讯作者...

经典案例 | 染色体水平西藏沙棘基因组揭示高海拔适应性和黄酮类化合物生物合成机制

近期，中国林业科学研究院国家林业和草原局林木培育重点实验室在BMC Biology上发表了研究成果，报道了高质量西藏沙棘基因组，结合基因组和转录组分析确定了参与黄酮类化合物生物合成途径的关键基因。文章题目Chromosome-level genome assembly of Hippophae tibetana provides insights into high-altitude ada...

经典案例 | 栽培/野生辣椒T2T无间隙基因组揭示辣椒进化和辣椒素生物合成奥秘

近期，北京大学现代农业研究院在Nature Communications上发表了研究成果，报道了两个T2T高质量辣椒基因组，揭示了着丝粒独特结构、表观遗传和转录特征，以探索辣椒果实辛辣风味的进化机制。文章题目Two telomere-to-telomere gapless genomes reveal insights into Capsicum evolution and capsaici...

经典案例 | 甘蓝泛基因组研究及结构变异分析揭示其驯化驱动力和多样化机制

近期，中国农业科学院蔬菜花卉研究所/蔬菜生物育种全国重点实验室和荷兰瓦赫宁根大学联合通讯，在Nature Genetics上发表了研究成果，利用27个高质量甘蓝基因组构建了泛基因组并鉴定了其结构变异，发现了SVs在基因表达中的双向作用，揭示了甘蓝品系驯化驱动力和多样性机制。文章题目Large-scale gene expression alterations introduced by st...

经典案例 | 基因组测序和种群重测序揭示青杨进化和适应机制

2024年1月，林木遗传育种全国重点实验室和中国林科院林业所联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，报道了青杨染色体水平高质量基因组组装，构建了438个野生个体的基因组变异图谱，并鉴定了参与DNA修复和紫外线辐射响应的局部适应基因。文章题目Populus cathayana genome and population resequencing provide ...

文献集锦 | 综述：植物基因组重测序与群体基因组学的现状与展望

2023年7月，中国农业科学院深圳农业基因组研究所在Molecular Plant上发表了研究成果，综述了群体基因组重测序研究的最新进展及其对作物育种的影响。文章题目Plant genome resequencing and population genomics: Current status and future prospects第一作者：Bo Song, Weidong Ning通讯...

经典案例 | 21种鲤科动物高质量基因组揭示异源多倍体事件起源和亚基因组进化模式

近期，九江大学药学与生命科学学院、西南大学农业部蚕桑功能基因组与生物技术重点实验室、美国德克萨斯州圣马科斯市德克萨斯州立大学和美国密歇根州立大学联合通讯，在Nature Communications上发表了研究成果，探究了三个关键鲤科物种之间的系统发育关系，揭示了异源多倍体物种起源及其亚基因组优势和遗传基础。文章题目Maternal dominance contributes to sub...

文献集锦 | 两种主流亚基因组分相工具评估与比较

近期，中国科学院昆明植物研究所和山东省农业科学院作物种质资源研究所联合通讯，在Briefings in Bioinformatics上发表了研究成果，以四个有据可查的复杂异源多倍体案例为基准，对SubPhaser和WGDI软件的准确性进行了评估和比较。文章题目Subgenome phasing for complex allopolyploidy: case-based benchmarki...

经典案例 | 龙舌兰杂交种基因组组装揭示CAM光合作用奥秘

近期，中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/湛江市热带作物遗传改良重点实验室在Horticulture Research上发表了研究成果，组装了中国唯一培育的商业高产杂交种龙舌兰NO.11648基因组，揭示了龙舌兰基因组进化机制以及CAM通路进化过程。文章题目A chromosome-level genome assembly of Agave hybrid NO.11648 provide...

文献集锦 | TWAS揭示顺式调控变异对印记选择和水稻穗型性状的影响

近期，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室在Nature Communications上发表了最新研究成果，分析了275份水稻1-2mm幼穗的转录组数据，并鉴定了数千个与穗性状相关的基因表达水平，揭示了顺式调控变异对印记选择和水稻穗型性状的影响，开发了鉴定因果基因及解析基因调控网络新方法。文章题目Transcriptome-wide association analyses reveal ...

文献集锦 | MODMS：促进紫花苜蓿生物学研究的多组学数据库(文章含多个应用型数据库链接)

近期，兰州大学草种创新与草地农业生态系统全国重点实验室在Horticulture Research上发表了最新研究成果，开发了一个紫花苜蓿综合数据库MODMS，其中包含多个参考基因组、注释、比较基因组学、转录组学、高质量基因组变异体、蛋白质组学和代谢组学，助力提高紫花苜蓿生产力和可持续发展。文章题目MODMS: a multi-omics database for facilitating ...

文献集锦 | 群体基因组分析揭示红米果皮颜色演化历史

近期，浙江大学作物科学与生物信息研究所在Plant Communications上发表了研究成果，对全球5104份水稻材料的群体基因组分析揭示了红米、白米和野生稻的混合进化关系，基于2794份色素果皮的全基因组关联研究发现了与红色果皮性状相关的新候选基因。文章题目Population genomic analysis unravels the evolutionary roadmap of ...

经典案例 | 八倍体栽培草莓无间隙基因组揭示亚基因组遗传和表观遗传差异

近期，郑州果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室和热带作物生物育种全国实验室深圳分室联合通讯，组装了单倍型草莓无间隙八倍体基因组，从而揭示亚基因组之间的序列、结构和表观遗传差异。文章题目Phased gap-free genome assembly of octoploid cultivated strawberry illustrates the genetic and epigenet...

经典案例 | 香青菜高质量基因组揭示其进化机制及挥发性香气关键基因的鉴定

今年9月，苏州农业科学院和华北科技学院生命科学学院联合通讯，在Horticulture Research上发表了研究成果，报道了高质量香青菜染色体水平基因组，并鉴定了参与挥发性香料合成的关键候选基因。文章题目The high-quality sequencing of the Brassica rapa ‘XiangQingCai’ genome and exploration of gen...

经典案例 | 耶路撒冷洋蓟在中国叫这个？六倍体基因组揭示其起源、进化和菊粉代谢机制

近期，中国农业科学院深圳农业基因组研究所岭南现代农业广东省实验室在Plant Communications上发表了最新研究成果，构建了21Gb染色体水平的菊芋六倍体基因组并揭示了基因组多倍体化历史，发现其与普通向日葵之间存在多次大规模的染色体重排，还鉴定了参与菊粉代谢的基因拷贝，并阐明了它们在六倍体基因组的进化史中的命运。文章题目A haplotype-resolved chromosome...

文献集锦 | 多组学综合分析和全基因组关联研究筛选油菜生长变异主要候选基因

近期，德国莱布尼茨植物遗传与作物科学研究所在The Plant Journal上发表了最新研究成果，通过多组学分析和全基因组关联分析发现了油菜代谢和生长变异相关的主要候选基因。文章题目Integrated multi-omics analyses and genome-wide association studies reveal prime candidate genes of metab...

经典案例 | 紫菜苔基因组组装及十字花科物种比较分析

近期，广州农业科学院和中国农业科学院棉花研究所棉花生物育种与综合利用国家重点实验室联合通讯，在Scientific Data上发表了最新研究成果，对紫菜苔进行了高质量染色体水平基因组组装，并与其他7个十字花科物种进行了比较基因组学研究。文章题目Chromosome-level genome assembly and annotation of Zicaitai (Brassica rapa...

文献集锦 | 苔藓植物地钱叶绿体中基因组印记潜在机制及演化

近期，奥地利科学院孟德尔研究所Frédéric Berger教授在New Phytologist上发表了最新研究成果，讨论了苔藓植物地钱基因组印记的潜在机制及演化。文章题目Paternal imprinting in Marchantia polymorpha第一作者：Sean A. Montgomery通讯作者： Frédéric Berger通讯单位：奥地利科学院孟德尔研究所杂志：New...

经典案例 | 七叶树基因组特征揭示七叶皂苷/七叶素生物合成进化机制

近期，中国中医科学院中药研究所、东北林业大学生命科学学院和北京化工大学化学资源工程国家重点实验室和联合通讯，在Nature Communications上发表了最新研究成果，报道了七叶树高质量基因组组装，描述了30.8Mya前发生的特有全基因组复制事件，对参与重要活性成分生物合成的关键酶进行了功能验证，还利用比较基因组学阐明了被子植物BAT基因簇的组织和进化机制。文章题目Characteri...

经典案例 | 芳香药用植物勐腊毛麝香高质量基因组发布及萜类物质合成相关基因鉴定

近期，中国科学院昆明植物研究所云南野生植物资源重点实验室在Scientific Data上发表了最新研究成果，组装了车前草科芳香药用植物勐腊毛麝香的高质量染色体水平基因组，并对参与萜类化合物生物合成相关基因进行了鉴定。文章题目A chromosome-level reference genome of an aromatic medicinal plant Adenosma buchnero...

文献集锦 | 基因组组装质量评估新工具CRAQ发布

近期，中国科学院植物研究所植物多样性与特色作物国家重点实验室在Nature Communications上发表了最新研究成果，开发了基因组组装评估新工具CRAQ，以提高评估基因组序列的精准度，并提供了相关纠错方案。文章题目Identification of errors in draft genome assemblies at single-nucleotide resolution fo...

文献集锦 | PlantCFG：用于分析多种植物候选开花基因的综合数据库

近期，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室和扬州大学植物功能基因组学教育部重点实验室联合通讯，在Plant Communications上发表了最新研究成果，开发了一个用于分析多种植物候选开花基因的综合数据库PlantCFG。文章题目PlantCFG: A comprehensive database with web tools for analyzing candidate flowe...

文献集锦 | 以古老作物谷子的“复兴”为例，揭示泛基因组在育种改良方面的超强辅助作用

近期，山西农业大学农学院韩渊怀教授在Plant Communications上发表了最新研究成果，以谷子为例，从育种应用、驯化启示以及基于图形的全图谱剖析等方面阐述泛基因组为“复兴”古老作物带来的机遇。文章题目Pan-genome brings opportunities to revitalize ancient crop foxtail millet第一作者：Yinpei Liang通讯...

经典案例 | 首个埃塞俄比亚芥泛基因组发布，助力芸薹属作物改良育种

近期，华中农业大学植物科学技术学院作物遗传改良国家重点实验室在Plant Communications上发表了最新研究成果，构建了首个埃塞俄比亚芥泛基因组，还鉴定出了PSR关键基因BcaFUL.B7。文章题目A Brassica carinata pan-genome platform for Brassica crop improvement第一作者：Yan Niu, Qingqing L...

文献集锦 | SoyMD：将多组学数据与各种大豆研究和育种工具相结合的综合平台

近期，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室和广州大学生命科学学院分子遗传学与进化创新中心联合通讯，在Nucleic Acids Research上发表了最新研究成果，收集、整合一套全面的大豆多组学数据集并对其进行挖掘，成功建立了用户友好的多组学数据库SoyMD。文章题目SoyMD: a platform combining multi-omics data with various too...

经典案例 | 芝麻基因组揭示进化机制及其农艺性状创新

近期，河南省农业科学院河南芝麻研究中心张海洋研究员团队在Plant Communications上发表了最新研究成果，对栽培芝麻和6种野生芝麻的染色体水平基因组进行了组装和比较，确定了芝麻基因组的进化特征。文章题目Genomic evolution and insights into agronomic trait innovations of Sesamum Species第一作者：Hon...

文献集锦 | LrCas9发布！CRISPR-Cas9高效植物基因组工程系统上新

近期，马里兰大学和电子科技大学联合通讯，在Nature Communications上发表了最新研究成果，利用基于益生菌鼠李糖乳酸杆菌的LrCas9蛋白建立了一个高效的植物基因组工程系统。文章题目Efficient plant genome engineering using a probiotic sourced CRISPR-Cas9 system第一作者：Zhaohui Zhong, ...

经典案例 | 高质量陆地棉/海岛棉基因组揭示着丝粒结构和进化机制

今年9月，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室在Plant Communications上发表了研究成果，发布了相较之前具有更高质量的异源四倍体棉花陆地棉/海岛棉参考基因组，首次阐明了棉花四倍体亚基因组中着丝粒区域的结构、序列特征、表观遗传模式和进化机制。文章题目High-quality Gossypium hirsutum and Gossypium barbadense genome ...

经典案例 | 叶绿体泛基因组和比较转录组学揭示黄瓜遗传变异和温度适应机制

2023年5月，南京农业大学园艺学院作物遗传与种质改良利用国家重点实验室在International Journal of Molecular Sciences上发表了研究成果，基于121份黄瓜种质构建了首个黄瓜叶绿体泛基因组，并通过比较基因组学、系统发育、单倍型和群体遗传结构分析对黄瓜叶绿体基因组的遗传变异进行了研究，同时还通过转录组分析探讨了黄瓜叶绿体基因在高温和低温刺激下的表达变化。文...

经典案例 | 首个高质量籽用大麻参考基因组为脂肪酸和维生素E合成提供新见解

大麻(Cannabis sativa L.)，大麻科大麻属一年生直立草木植物。大麻茎皮纤维长而坚韧，可用以织麻布或纺线，编织渔网和造纸；种子可榨油，供作油漆、涂料等；果实和花可入药，有润肠通便、驱风散积之功效。长期吸食大麻可诱发精神错乱和妄想症，性格也会变得非常偏执，而且身体机能将受到严重损害，抵抗力和运动协调能力都会有所下降。▲大麻种子近期，福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验...

中国科技核心期刊精简目录（2023年自然科学卷）

自1987年以来，中国科学技术信息研究所承担“中国科技论文统计与分析”工作，相关宏观统计数据编入国家统计局和国家科学技术部编制的《中国科技统计年鉴》，统计和分析研究成果被科技管理部门和学术界广泛关注和应用。2023年中国科技论文统计与分析工作已经完成，本年度中国科技论文统计报告发布于2023年9月20日上午10：00召开。发布会视频链接地址：https://mm.scimeeting.cn/...

经典案例 | 首个玳瑁高质量参考基因组发布，为海龟遗传多样性及海洋生态系统保护提供新见解

玳瑁(Eretmochelys imbricata)是海龟科、玳瑁属爬行动物。栖息于热带和亚热带海洋中，生命中的大部分时间都为独居，具有较强的迁徙能力，生活环境范围较大，主要以珊瑚礁为食。玳瑁爬行速度较慢，极易被捕杀，作为玳瑁巢穴区的沙滩也经常被破坏，繁殖率较低，因此种群数量极难恢复。目前已被列入IUCN标准极危(CR)以及中国《国家重点保护野生动物名录》，为国家一级保护野生动物。近期，广东...

经典案例 | 荞麦多组学分析揭示其独特风味和花发育关键因素

近期，中国农业科学院作物科学研究所周美亮课题组在Molecular Plant上发表了最新研究成果，报道了苦荞×普通荞麦纯合子自花授粉变种甜荞的染色体水平高质量基因组组装，通过多组学分析揭示了中国/非中国栽培种与环境适应性以及花发育相关的遗传变异。文章题目Comparative and population genomics of buckwheat species reveal key d...

经典案例 | 高质量苦参基因组揭示豆科植物不同进化轨迹及生物活性化合物合成关键基因

近期，澳大利亚阿德莱德大学分子与生物医学系振东中心在Scientific Data上发表了最新研究成果，报道了苦参高质量染色体水平基因组，并对根、茎、叶中主要生物活性化合物合成涉及的基因和途径进行了表征。文章题目Chromosomal level genome assembly of medicinal plant Sophora flavescens第一作者：Zhipeng Qu, Wei...

经典案例 | 香蕉高质量参考基因组揭示Musaceae家族遗传多样性及优越纤维特性调控机制

近期，广东省农业科学院果树研究所和广西大学生命科学与技术学院亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室联合通讯，在Plant Communications上发表了最新研究成果，报道了Australimusa香蕉(Musa textilis和Musa troglodytarum)的染色体水平基因组组装，阐明了Abaca优越纤维特性的遗传机制。文章题目High-quality reference...

文献集锦 | 染色体外环状DNA和结构变异解释拟南芥表观遗传突变基因组不稳定性

近期，法国佩皮尼昂植物基因组与发育实验室Marie Mirouze团队在Nature Communications上发表了最新研究成果，利用反向遗传学方法干扰eccDNA的调控，并探索其在拟南芥突变植物基因组稳定性中的作用。文章题目Extrachromosomal circular DNA and structural variants highlight genome instabilit...

经典案例 | 兰花/枯叶螳螂染色体水平高质量基因组组装揭示其伪装进化机制

▲兰花螳螂(前)与棱背枯叶螳螂(后)近期，中国科学院动物研究所魏辅文院士团队在Nature Communications上发表了最新研究成果，报道了兰花螳螂和枯叶螳螂的染色体水平高质量基因组组装，对这两个物种表型创新的遗传和进化机制进行了研究和比较。文章题目Evolutionary genomics of camouflage innovation in the orchid mantis第...

经典案例 | 本氏烟草染色体水平高质量基因组及多组学大数据信息发布

近期，澳大利亚昆士兰科技大学和ARC自然与农业植物成功卓越中心联合通讯，在Nature Plants上发表了最新研究成果，生成了烟草LAB和野生QLD染色体水平高质量基因组，还进行了转录组、表观基因组、代谢组等多组学分析。文章题目A multi-omic Nicotiana benthamiana resource for fundamental research and biotechno...

经典案例 | 马齿苋染色体水平高质量基因组揭示C4和CAM起源、进化以及代谢整合机制

近期，中国科学院植物研究所在Plant Physiology发表了最新研究成果，报道了马齿苋染色体水平高质量基因组组装，发现了两轮全基因组重复，这些WGD和TD事件产生了编码C4光合作用和CAM关键酶/转运蛋白基因的多个拷贝，为马齿苋C4和CAM起源和进化以及代谢整合提供了线索。文章题目Gene duplications facilitate C4-CAM compatibility in ...

文献集锦 | 泛基因组分析提供水稻驯化与去驯化新见解

近期，浙江大学作物科学研究所和中国水稻研究院水稻生物学国家重点实验室联合通讯，在Genome Biology上发表了最新研究成果，对杂草稻和栽培稻进行高质量基因组组装，构建了基于74份材料共线直系同源基因的水稻泛基因组，并结合结构比较和系统发育分析探究了野生渗入对驯化和去驯化的影响。文章题目A syntelog-based pan-genome provides insights into ...

经典案例 | 首个水稻T2T完整参考基因组发布

近期，中国农业科学院深圳农业基因组研究所在Molecular Plant上发表了最新研究成果，报道了首个T2T水稻完整参考基因组T2T-NIP，并建立了在线数据库以提供AGIS-1.0基因组信息友好访问服务。文章题目A complete assembly of the rice Nipponbare reference genome第一作者：Lianguang Shang, Wenchuan...

经典案例 | 蝴蝶鱼染色体水平基因组揭示其独特颜色及形态特征

近期，DNA Research在线发表了最新研究成果，报道了三种蝴蝶鱼和盖刺鱼科近缘种基因组，阐明了蝴蝶鱼独特颜色和形态基因组特征，强调了由串联重复产生的新基因及其潜在功能。文章题目Chromosome-level genome of butterflyfish unveils genomic features of unique color patterns and morphologic...

经典案例 | 基因组等多种技术分析揭示甘蓝型油菜黄籽性状的遗传基础

近期，西南大学南方山地农业教育部工程研究中心和加拿大萨斯卡通研究中心联合通讯，在Nature Communications上发表了最新研究成果，组装了油菜黄籽(GH06)和黑籽(ZY821)高质量基因组，发现BnA09MYB47a为控制黄籽性状的主要候选基因。文章题目Comparative genomic analyses reveal the genetic basis of the ye...

经典案例 | T2T高质量基因组组装揭示枣空间染色体结构及其进化机制

近期，河北农业大学枣研究中心刘孟军教授和杨猛教授共同通讯，在Plant Communications上发表了最新研究成果，报道了枣的最新T2T基因组组装，并分析了枣树进化和空间染色体组织新特征。文章题目Insights into the evolution and spatial chromosome architecture of jujube from an updated gaples...

文献集锦 | 又发现一水稻增产新途径！实现作物高产一直在路上

近期，华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室邢永忠教授课题组在Nature Genetics上发表了最新研究成果，新发现一个水稻增产基因GY3，能够通过调抑制细胞分裂素的合成达到提高水稻产量的目的。文章题目Suppressing a phosphohydrolase of cytokinin nucleotide enhances grain yield in rice第一作者：Bi Wu...

文献集锦 | 多组学联合分析揭示白杨衰老时间差异机制

近期，瑞典乌梅奥大学植物生理学系Stefan Jansson团队在Nature Communications上发表了最新研究成果，通过转录组学和代谢组学与共表达网络分析相结合，以探究白杨秋叶衰老时间差异的机制。文章题目Salicylic acid metabolism and signalling coordinate senescence initiation in aspen in na...

经典案例 | 基因组学揭示最古老驯化小麦种群结构及演化机制

近期，沙特阿卜杜拉国王科技大学和美国马里兰州帕克学院马里兰大学联合通讯，在Nature上发布了最新研究成果，生成并分析了野生和驯化小麦高质量基因组，揭示了einkorn小麦的种群结构和进化历史，以及它从新月沃土扩散后的复杂杂交和渗入模式。文章题目Einkorn genomics sheds light on history of the oldest domesticated wheat第一...

经典案例 | 基因组学研究揭示橡胶树驯化遗传机制

近期，中国热带农业科学院橡胶研究所的田维敏教授、中国科学院遗传与发育研究所的李家洋院士和梁承志研究员为论文共同通讯，在Nature Communications上发表了最新研究成果，报道了高质量橡胶树基因组组装并绘制了变异图谱，揭示了驯化相关分子信号，且鉴定出了一个关键驯化相关基因。文章题目Genomic insight into domestication of rubber tree第一...

文献集锦 | 超泛基因组分析揭示转座元件和倍性对马铃薯物种进化的影响

近期，麦吉尔大学植物科学系Martina V. Strömvik团队在PNAS上发表了最新研究成果，通过超泛基因组分析比较了296份不同品种的二倍体/多倍体马铃薯材料，阐述了转座元件和倍性对茄属马铃薯物种进化的影响。文章题目Pangenome analyses reveal impact of transposable elements and ploidy on the evolution...

经典案例 | 异源四倍体辣根T2T基因组揭示亚基因组多样化和关键性状形成机制

近期，北京农林科学院生物技术研究所和捷克马萨里克大学联合通讯，在Nature Communications上发表了最新研究成果，报道了异源四倍体辣根T2T高质量参考基因组，揭示了多倍体化和亚基因组分化在形成关键性状中的重要作用。文章题目The allotetraploid horseradish genome provides insights into subgenome diversif...

文献集锦 | 比较转录组分析揭示了甘蓝型油菜植物激素网络多重水平串扰

华中农业大学国家作物基因改良重点实验室戴成副教授和杨庆勇教授共同通讯，在Plant Biotechnology Journal上发表了最新研究成果，构建了7种激素间的调控网络，确定了调控甘蓝型油菜激素串扰的关键基因和转录因子。文章题目Comparative transcriptome profiling reveals the multiple levels of crosstalk in ...

前沿热点 | 两篇连发！利用合成生物学提高作物产量，构建植物快速活性Rubisco可增强光合作用

快速活性Rubisco可增强植物光合作用华中农业大学生命科学技术学院林拥军教授团队和英国利物浦大学刘鲁宁教授科研团队联合通讯，在The Plant Cell上发表了研究成果，揭示高速率Rubisco在植物中的表达与组装是利用细菌羧酶体提升作物光合作用。文章题目Producing fast and active Rubisco in tobacco to enhance photosynthe...

文献集锦 | T2T胡萝卜参考基因组揭示类胡萝卜素特征

近期，南京农业大学园艺学院、淮阴工学院生命科学与食品工程学院和贵州省农业科学院园艺研究所联合通讯，构建了胡萝卜‘Kurodagosun’高代自交系D. carota T2T基因组。文章题目Telomere-to-telomere carrot (Daucus carota) genome assembly reveals carotenoid characteristics 第一作者：YaH...

文献集锦 | 氨基酸转运蛋白CsAAP2破坏抑制生长素介导的黄瓜根系发育

近期，中国农业大学园艺学院眭晓蕾教授课题组在New Phytologist上发表了最新研究成果，揭示了氨基酸转运蛋白CsAAP2破坏抑制生长素介导的黄瓜根系发育分子机制。文章题目Disruption of the amino acid transporter CsAAP2 inhibits auxin-mediated root development in cucumber第一作者：Xue...

前沿热点 | Science&Nature报道有史以来规模最大的灵长类动物基因组研究

现如今灵长类动物有500多种，包括人类、猴子、猿类、狐猴、跗骨和懒猴等，其中许多物种会受到气候变化、栖息地丧失和非法狩猎的威胁。研究人员对近一半灵长类物种的基因组进行了测序，以16个灵长类家族为代表，调查了全球233个物种的800多个基因组。堪培拉澳大利亚国立大学的灵长类动物学家Alison Behie说：“我们对灵长类基因组学了解得越多，对人类基因组学的了解就越多。”▲金丝猴是少数具有复杂...

前沿热点 | 基于机器学习的群体遗传分析揭示葡萄驯化中的适应性/非适应性渐渗

近期，中国农业科学院深圳农业基因组研究所周永锋研究员和加州大学尔湾分校Brandon Gaut教授共同通讯，采用基于机器学习的群体遗传分析发现了葡萄单一驯化的证据以及欧洲野生种的渐渗演化历史。文章题目Adaptive and maladaptive introgression in grapevine domestication第一作者：Hua Xiao, Zhongjie, Nan Wan...

文献集锦 | 花粉自清除CRISPR/Cas基因编辑技术阻止转基因花粉在玉米中的传播

近期，中国农业科学院作物科学研究所谢传晓研究员与西北农林科技大学杨琴教授联合通讯，在Plant Communications上发表了最新研究成果，成功开发了程序化花粉自清除CRISPR/Cas系统(PSEC)，可以阻止花粉从植物中传播，通过雌性配子体遗传，并保持基因编辑活性。文章题目Pollen self-elimination CRISPR/Cas genome editing preve...

文献集锦 | 南极鱼类应对寒冷适应的基因组学研究

多倍化(polyploidy)或全基因加倍/复制(WGD)事件是指基因组内的所有序列都发生重复，重复为生物进化提供了原始的遗传材料，使植物基因组快速重组，丢失大量基因，增加结构变异，对植物进化极其重要。全基因组加倍事件结果：可以增加一个物种所有的基因拷贝，但在自然选择的作用下，倍增后的基因会经历不同的命运：1. 部分拷贝丢失；2. 失去功能（假基因化）；3. 部分拷贝获得新的功能（新功能化）...

前沿热点 | New Phytologist 公布100个植物科学研究最重要的问题，您的关注点是？

早在2011年New Phytologist杂志首次公布了植物科学面临的100个重要研究问题，涉及社会，环境和适应，物种相互作用，了解和利用植物细胞以及多样性。该文也成为New Phytologist上阅读量最大的文章之一，显示出大家对确定植物研究优先事项的广泛兴趣。2023年3月16日，New Phytologist杂志再次回顾了自2011年论文以来植物科学的发展，由克莱尔·格里尔森教授（...

经典案例 | 端午“仙草”菖蒲二倍体和四倍体基因组发布，揭示单子叶植物进化特征

菖蒲，多年生草本植物，根状茎比较粗壮，叶如利剑，常生于溪地，沼泽或池塘水田边。菖蒲里也有一种挥发油，并可发出馥郁的芳香气味。菖蒲整株可入药，可食可酒酿，它在传统文化中被奉为防疫驱邪的灵草，端午时节与艾草、大蒜悬挂于房前屋下，被文人墨客盛誉为“端午三友”。端午节 ✕五月初五Dragon Boat Festival芒种将来迎仲夏，且用菖蒲降毒物芒种过后，夏至临近，古人认为虽然立夏是夏季的第一个节...

经典案例 | 首个T2T完整玉米基因组发布！

近期，中国农业大学国家玉米改良中心、玉米生物育种全国重点实验室赖锦盛教授团队在Nature Genetics上发表了最新研究成果，报告了一个完整的T2T玉米基因组组装，是复杂基因组组装领域工程技术研究的重大突破。文章题目A complete telomere-to-telomere assembly of the maize genome第一作者：Jian Chen, Zijian Wang...

文献集锦 | 作物抗旱性遗传解剖及其性状改良综述

近期，中国农业大学生物学院秦峰教授团队在The Crop Journal上发表了最新研究成果，综述了近年来在阐明作物抗旱遗传基础方面的研究进展。文章题目Genetic dissection of drought resistance for trait improvement in crops第一作者：Shengxue Liu, Hongwei Wang 通讯作者：Feng Qin通讯单位：...

经典案例 | 金钱蒲基因组破译早期单子叶植物适应性进化

近期，广东农业基因组学国家重点实验室刘欢研究员团队在Nature Communications上发表了最新研究成果，报道了高质量无间隙金钱蒲基因组，研究发现为早期单子叶植物适应性进化和提供了新的见解。基因组测序在植物领域的应用除了品种改良和遗传研究以外，还可以揭示植物的遗传变异，研究遗传多样性和进化等等。植物/作物的基因组测序研究是进行其他深入研究的必备前提和基础，对于同一物种，研究方向不同...

生信技能 | BnIR：一个用于甘蓝型油菜研究和育种的多组学数据库（内含多个数据库链接）

华中农业大学湖北洪山实验室作物遗传改良国家重点实验室杨庆勇教授课题组在Molecular Plant上发表了最新研究成果，研究者们构建了首个迄今为止最全面的油菜多组学数据库BnIR（Brassica napus multi omics information resource）。

前沿热点 | Nature发布空间多组学新技术——哺乳动物组织空间表观遗传组-转录组联合分析

耶鲁大学樊荣教授、宾州大学邓彦翔博士和卡罗林斯卡学院Gonçalo Castelo-Branco教授联合通讯，在Nature上发表了最新研究成果。研究者们提出了两种空间多组学新技术：空间染色质可及性和转录组联合分析（Spatial ATAC–RNA-seq），以及空间组蛋白修饰和转录组联合分析（Spatial CUT&Tag–RNA-seq）。

前沿热点 | 最新权威基因序列数据库GenBase正式上线！

中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（NGDC）最新开发的基因序列数据库GenBase正式上线，为科研用户提供基因序列数据汇交共享和查询下载服务。数据库链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/基因的序列和注释信息（包括DNA、RNA和蛋白序列信息）是支撑基因功能研究的核心基础数据之一。

文献集锦 | 首次发表KN9204 EMS突变体库，丰富冬小麦功能基因组学

近期，中国科学院遗传与发育生物学研究所肖军研究员、贺飞研究员和河北师范大学刘西岗教授、李俊明教授联合通讯，在Plant Communications上发表了最新研究成果，通过捕获冬小麦品种KN9204的全外显子组生成了EMS突变体库，并对其进行了测序。

文献集锦 | CND1在维持植物细胞核和叶绿体基因组稳态中的双重作用

广州中医药大学药用植物生理生态研究所王宏斌、靳红磊课题组在Cell Reports在线发表了最新研究成果，在高等陆生植物中鉴定出双定位蛋白CND1，能够调控细胞核和叶绿体基因组稳态，这是植物生长发育和光合作用等功能所必需的。

经典案例 | 首次发布半野生蓬蓬棉基因组，为陆地棉起源及驯化提供新见解

近期，浙江大学张天真教授团队在Journal of Advanced Research上发表了最新研究成果，采用多重分析揭示HIC野生蓬蓬棉起源与驯化关系。

文献集锦 | T5外切酶可提高植物 Prime Editing效率

山西大学梁振研究团队在Journal of Genetics and Genomics上发表了最新研究成果，融合T5核酸外切酶开发了一种新型植物系统PE2 (v2)，以提高植物细胞中的引导编辑效率。

前沿热点 | 面对压力环境植物会“发声”

以色列特拉维夫大学植物科学与粮食安全学院Lilach Hadany研究团队在Cell上发表了最新研究成果，发现植物受到压力时会发出超声波，能够在空气中传播及被检测，其声音可揭示植物类型和当下状态。

经典案例 | 首个超级泛基因组分析揭示野生/栽培番茄基因组多样性及结构变异

近期，新疆农业科学院园艺作物研究所新疆特色果蔬基因组研究与遗传改良重点实验室、中国农业科学院深圳农业基因组研究所和中国农业科学院生物技术研究所等研究团队联合通讯，通过分析11个不同的番茄物种(野生/栽培)，构建了首个超级泛基因组，为番茄遗传改良提供了非常重要的参考价值。

经典案例 | 构建泛基因组倒位图谱，揭示亚洲水稻亚群体结构进化特征

近期，华中农业大学、阿卜杜拉国王科技大学、国际水稻研究所和冷泉港实验室联合通讯，在Nature Communications上发表了最新研究成果，构建了亚洲水稻泛基因组倒位图谱。

文献集锦 | GmEID1通过EC复合体调节光信号，实现大豆开花时间和产量调控

中国农业科学院作物科学研究所刘斌研究团队和广州大学孔凡江研究团队联合通讯，在PNAS上发表了研究成果，揭示了E3/E4-GmEID1-EC模块控制大豆开花时间的独特机制。文章题目GmEID1 modulates light signaling through the Evening Complex to control flowering time and yield in soybean第...

文献集锦 | 植物免疫信号和原核生物免疫通路交叉及相互激活机制揭示

中国科学院分子植物科学卓越创新中心万里研究组和美国科罗拉多州立大学Marc Nishimura研究团队联合通讯，在Science Advances上发表了最新研究成果，探索了来自Thoeris免疫TIR (ThsB)的NADase衍生信号是否与植物TIR免疫途径兼容，以阐明TIR产物在植物体内的多样性和功能。文章题目Plant and prokaryotic TIR domains gene...

百年植物之谜揭示——液压故障是早期维管植物木质部网络演化的主要驱动因素

捷克科学院植物研究所Martin Bouda团队及其合作者在Science上发表了最新研究成果。研究揭示了一个百年植物之谜，即早期植物是如何通过维管系统的变化，从水生环境中生长到陆地上的。文章题目Hydraulic failure as a primary driver of xylem network evolution in early vascular plants第一作者：Marti...

植物泛基因组学及其应用

上海师范大学黄学辉教授和中山大学史俊鹏副教授联合通讯，在Molecular Plant上在线发表了最新研究成果。文章对植物泛基因组和gapless基因组的研究进展进行了综述，包括基因组结构变异(SVs)的主要驱动力、表征泛基因组的方法创新以及新开发基因组资源的应用等。文章题目Plant pan-genomics and its applications第一作者：Junpeng Shi通讯作者...

新型“嫁接-移动”基因编辑系统实现植物可遗传非转基因的基因组编辑

1月3日，马克斯·普朗克分子植物生理学研究所Friedrich Kragler研究团队在Nature Biotechnology 上在线发表了最新研究成果。研究人员提出了一种新型“嫁接-移动”基因编辑系统，可为精准育种、重要农艺性状研究以及作物遗传改良提供有力支撑。文章题目Heritable transgene-free genome editing in plants by graftin...

揭示植食性动物限制共生固氮机制

“ In mature tropical forests, trees that can capture nitrogen experience high levels of herbivory. This could explain the low abundance of such trees, and demonstrates that herbivores can limit nit...

关于对西工大王文教授团队连续发表4篇Science高水平论文的思考

近期，西北工业大学生态环境学院王文教授团队、空军军医大学西京医院黄景辉教授团队、长春科技学院李春义教授团队与吉林农业大学李志鹏教授团队联合通讯，在Science上在线发表了最新研究成果，研究者们首次在鹿角中发现了具有强大再生潜力的干细胞群(https://www.science.org/doi/10.1126/science.add0488)。证实哺乳动物在很大程度上失去再生附属物或器官的能...

全球生物数据库目录Database Commons发布！

中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心在Genomics Proteomics & Bioinformatics上发表了最新研发成果，全球生物数据库目录Database Commons正式发布。文章题目Database Commons: A Catalog of Worldwide Biological Databases第一作者：Lina Ma, Dong Z...

Nature封面：成功研发让种子自发钻孔的载体E-seed，实现空中播种！

卡内基梅隆大学姚力宁、雪城大学张腾、宾夕法尼亚大学杨澍、浙江大学王冠云联合通讯，于Nature发表了最新研究成果，并登上封面。四校合作设计制造了一种适用于空中播种的种子载体机器人E-seed，能够让种子“自发”钻孔，成功率达80%。文章题目Autonomous self-burying seed carriers for aerial seeding第一作者：Danli Luo通讯作者：Gu...

陆上丝绸之路沿线经济作物交流研究新进展

近期，中国科学院昆明植物研究所杨永平研究团队在BMC Plant Biology上在线发表了最新研究成果。研究人员总结了考古学、遗传学和基因组学证据来探索作物传播模式，在沿陆上丝绸之路被驯化的207种作物中，选择了其中19种进行研究讨论。文章题目 Exchanges of economic plants along the land silk road第一作者：Guangyan Wang通讯...

培育适应干旱作物，提高气候适应能力

昆士兰农业和食品创新联盟(QAAFI)Mark Cooper研究团队在THE PLANT CELL上发表了关于玉米育种的综述，应用“育种方程”框架，回顾了已用于成功培育具有更高抗旱性作物的方法和策略。文章题目Breeding crops for drought-affected environments and improved climate resilience第一作者：Mark Coo...

二氧化碳浓度上升导致植物矿物质营养下降，致此负面影响原因仍待深究

蒙彼利埃大学植物科学研究所(IPSiM) Antoine Martin团队在Trends in Plant Science上发表了研究成果，这篇综述对CO2浓度上升导致植物矿物质营养下降的主要原因假设进行了补充及回顾总结。文章题目The decline of plant mineral nutrition under rising CO2: physiological and molecul...

推翻以往共识，实现单子叶植物嫁接！

英国剑桥大学植物学系Julian M. Hibberd在Nature上发表了研究成果，该研究成功在单子叶植物中实现了嫁接技术，表明嫁接亲和性是种子植物间的共有能力。文章题目Monocotyledonous plants graft at the embryonic root–shoot interface第一作者：Gregory Reeves通讯作者：Julian M. Hibberd通讯单...

T2T组装时代多基因组比对

莱斯大学计算机科学系Todd J. Treangen团队在Genome Biology上在线发表了研究成果。综述集中回顾了MGA算法分析，并对T2T组装时代MGA的未来发展进行了讨论。文章题目Multiple genome alignment in the telomere-to-telomere assembly era第一作者：Bryce Kille通讯作者：Todd J. Treang...

TGW3磷酸化调控水稻籽粒大小新通路

中科院植物所宋献军研究团队在Cell Reports上发表了最新研究成果，研究发现了一条调控水稻籽粒大小的新通路OsTIR1-OsIAA10-OsARF4。文章题目Control of grain size in rice by TGW3 phosphorylation of OsIAA10 through potentiation of OsIAA10-OsARF4-mediated au...

竹笋生长发育过程中的甲基化调控机制揭示

近日，福建农林大学林学中心顾连峰教授研究组在Plant Physiology发表了最新研究成果，对不同高度（2米和4米）毛竹笋单节间（基部和中部）进行了甲基化调控生长相关研究。RNA甲基化研究揭示2米毛竹笋具有更高的N6-甲基腺嘌呤修饰比例, DNA甲基化研究揭示4米毛竹笋具有更高5-甲基胞嘧啶水平，具有更短Poly(A)尾长度的基因其CG类型的DNA甲基化水平也更低。文章题目Compreh...

棉花基因组学、生物技术和分子生物学研究综述

武汉大学生命科学学院、中国科学院分子植物科学卓越中心、中国农业科学院棉花研究所、湖北省洪山实验室等多家单位联合通讯，在Science China-Life Sciences上发表了最新研究成果，对棉花研究进行详细回顾，并探讨了未来发展新方向。文章题目A comprehensive overview of cotton genomics, biotechnology and molecular...

植物lncRNAs生物学方面的关键发现和见解

纽约康奈尔大学博伊斯·汤普森研究所的Andrew D. L. Nelson团队在The Plant Cell上发表了最新研究成果。这篇综述中，作者整合分析了过去25年在植物lncRNAs生物学方面的关键发现和见解。文章题目Linking discoveries, mechanisms, and technologies to develop a clearer perspective on ...

永洪科技创始人：在大数据时代应如何进步

如果说金融是经济的血液，那么数据就相当于金融的血液。没有数据支持的金融活动就...

当今互联网发展趋势

互联网是个人、商家、组织、媒体比较追捧的一个领域，它不仅可以提供个人、商家在线...

"互联网+"未来发展趋势

从现状来看，“互联网+”处于初级阶段，是个都在热谈但是没有落实的理论阶段。各领域...

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