一篇搞定转录组文章撰写思路！
转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。
转录组数据可用来干什么
转录组分析属于针对mRNA进行测序和分析，可用于：
1. 结构分析：如从头构建转录本、优化已有基因结构、发现新基因、发现新转录本、发现融合基因、鉴定RNA编辑、检测变异；
2. 表达分析：如基因在各个样本中的表达定量、样品间差异表达基因鉴定、基于时间序列的表达分析；
3. 功能挖掘：针对结构分析和表达分析结果进行功能的挖掘，具体方法包括PCA分析、表达模式聚类、共表达网络构建、富集分析等。
转录组学研究内容
有参全长转录组分析内容：
1. 数据质控、转录本分类
2. 转录本聚类与校正
3. 与参考基因组比对
4. 进行可变剪切分析
5. 新基因预测
6. 融合基因分析
7. 作为参考序列，定量分析
8. 编码蛋白框预测
9. lncRNA预测
无参全长转录组分析内容：
1. 数据质控、转录本分类
2. 转录本聚类与校正
3. 七大转录本数据库注释
4. 作为参考序列、定量分析
5. lncRNA预测
6. 编码蛋白框预测
转录组学分析流程
大体流程一般包括结构分析、表达分析以及功能挖掘。
转录组学文章撰写内容
1. 提出问题
所有科学研究的起点都是问题的提出，所有问题的提出并非凭空想象，可依据前人研究、经典案例、行业前沿、合理假设等方面入手，提出具有研究价值的创新问题。研究问题的提出以及方向的确定是科研文章撰写中非常重要的基石。
▲文章：Full-Length Transcriptome Analysis of the Genes Involved inTocopherol Biosynthesis in Torreya grandis
2. 表型&生理指标
在文章提出问题后，经生理指标检测和采集的物种表型呈现往往是直观有利的证据，在此基础上开展后续的研究是非常有必要的。
▲文章：Full-Length Transcriptome Analysis of the Genes Involved inTocopherol Biosynthesis in Torreya grandis
3. 数据表征
数据合理是进行下一步差异分析的前提，得到数据后需要论证数据的有效性。对转录组会要求相关性图，主成分分析图，带有层次聚类的热图等来说明组间差异是大于组内差异的，目的是使得研究中的数据量/测序质量的充足可信。
▲文章：Full-Length Transcriptome Analysis of the Genes Involved inTocopherol Biosynthesis in Torreya grandis
4. 差异分析
转录组的差异表达分析，顾名思义就是寻找差异，主要是寻找差异表达的基因和差异表达的功能等。对于差异的分析是数据挖掘的重中之重，常见的描述差异情况的方式有韦恩图、热图等。同时，GO/KEGG富集分析、WGCNA分析等方法可以用来探究差异机制。
▲文章：Integration of early disease-resistance phenotyping, histological characterization, and transcriptome sequencing reveals insights into downy mildew resistance in impatiens
5. 验证实验
转录组结果一般需要采用q-PCR、Northern blot等方法进行验证实验来进一步提升数据可靠性，也可结合下游进行基因过表达或敲除等去进行验证，这也是后续研究的起点。
▲文章：Allele-aware chromosome-level genome assembly of Artemisia annua reveals the correlation between ADS expansion and artemisinin yield
