生信技能 | SnapGene绘制图谱说明，用这一篇就够了！

绘制图谱需要准备两个文件：

1. 目标基因CDS序列

2. 质粒信息

- 打开SnapGene，左侧文件中打开质粒文件或者直接打开后缀名为.dna的质粒文件。

- 打开质粒信息后，再打开文件中新DNA或RNA文件，将目的基因的CDS序列粘贴到空白框，这时SnapGene打开两个界面，即质粒和目的基因。

- 酶切位点均不能在目的基因的片段上存在，具体排除方法是在SnapGene打开目的基因的文件界面，在目录栏选择酶，下拉项选择无切点内切酶，点击输出，保存.txt。

- 该文档保存的就是片段不会被切掉的，即我们可以选择的酶切位点。

- 打开质粒图谱，在多克隆位点区域选择理想的酶切位点。

- 打开刚刚保存的基因的无切点内切酶 .txt文件，Ctrl+F在文档中查找是否有该酶切位点，有即可用，多尝试几个，直到找到为止。

- 点击选择好的酶切位点，单酶切选择一个就好，双酶切选择一个，按住ctrl再选择另外一个，功能栏选择行动，in-fusion 克隆，插入片段。

- 点击片段，右上角选择片段来源，已经打开的目的基因文件会出现在下拉项里，因为我们刚刚没有另存目的基因的文件，这个地方则会显示无标题的.dna。

- 如果之前将目的基因的CDS信息在SnapGene中保存过，这里会显示目的基因名称.dna，点击进入。

- 出现如图界面，点击右上角选择重叠pcr产物，出现提示框。

- 一般情况下，pcr引物的目标Tm50-60℃都可以，默认，重叠选择20bp，下面重叠生成或来自载体上下游的酶切位点可选可不选，设置完后点击选择引物。

- 进入该界面，右下角创建产物。

- 这时候需要命名文件，方便后续查找，原则是质粒名称+目的基因名称。

- 命名完成后点击克隆。

- 刚刚构建好的质粒，点击左下角序列，所看到得标记“片段，正向” 即为用于扩增目的基因的正向引物。

- 双击箭头进入上游引物界面，修改名称信息。

- 同理，下游引物也需修改名称信息。

- 命名完成后，点击下栏中引物，Ctrl同时选中mudi-F和mudi-R。

- 点击上栏中复制，即为带有同源臂的扩增目的基因的引物，粘贴到自己的文件中保存备用。

菜单栏

- File：打开、保存、导入文件等

- Edit：编辑、选中、拷贝或插入序列

- View：切换视图

- Enzymes：显示、选择酶切位点。提供酶数据库

- Features：显示、创建并注释序列片段

- Primers：显示、添加、删除、编辑引物

- Actions：模拟PCR等分子克隆

- Tools：序列比对、模拟DNA电泳等

Map视图下侧边栏

- enzymes：可筛选、设置显示特定的酶切位点

- features：显示注释的DNA片段

- primers：显示引物位置和序列

- translations：显示翻译的序列

- colors：自定义DNA序列颜色

- features on the DNA line：更换注释序列显示位置

- feature labels：显示注释的序列名称

- locations：显示酶切位点、引物等所处的位置

- horizontal map：线性化展示序列图谱

- alignments：显示比对的序列